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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005476

染色体: Chr02 坐标: 74998728-74999610 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005476
名称SmilChr02G005476
描述uncharacterized SmilChr02G005476
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向74998728 - 74999610 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010022
GeneID131010022
locus_tag-
NCBI NameLOC131010022
原始查询LOC131010022

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030]; symbol=AT4G29090; hit=AT4G29090; species=arabidopsis; confidence=low
产物Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030]; symbol=AT4G29090; hit=AT4G29090; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT4G29090 (AT4G29090)
Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030]
identity=31.9; qcov=1.09; evalue=2.83e-22; confidence=low
RiceOs01g0930300
-
identity=21.6; qcov=1.02; evalue=4.26e-07; confidence=weak
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG-
PfamPF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010022

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057793399.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057793399.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057793399.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057793399.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793399.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793399.1
267 aa
N
1
134
267
zf-RVT
RVT_3
C
PF13966 zf-RVT 1-52 aa PF13456 RVT_3 179-246 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793399.1 Pfam PF13966 zf-RVT Domain 1 52 5.9e-09 37.2 zinc-binding in reverse transcriptase
XP_057793399.1 Pfam PF13456 RVT_3 Domain 179 246 8.9e-12 45.7 Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937416.1
ATGTTTATGTGGAAATGCTTATCTAACTGCCTTCCTACGGCAAAGGCGCTGAGAAGCAGATCTATTGAGATCGATGGCCTGTGCAGAAGATGTGGTTCTTGTGAGGAAACGTTGGAACATGCTCTCCGGGACTGTGGGTGGGTTAGCACTCTCTGGGCTGTTTCCCCCATTCGTCTCCAGCCAGTGACGCAAGGGATGGAATTTTCCATTGTGGAATGGTTTGACAAGATTAGATCCTGCCCTCACAATGAAGTTCATGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010022
ATGTTTATGTGGAAATGCTTATCTAACTGCCTTCCTACGGCAAAGGCGCTGAGAAGCAGATCTATTGAGATCGATGGCCTGTGCAGAAGATGTGGTTCTTGTGAGGAAACGTTGGAACATGCTCTCCGGGACTGTGGGTGGGTTAGCACTCTCTGGGCTGTTTCCCCCATTCGTCTCCAGCCAGTGACGCAAGGGATGGAATTTTCCATTGTGGAATGGTTTGACAAGATTAGATCCTGCCCTCACAATGAAGTTCATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793399.1
MFMWKCLSNCLPTAKALRSRSIEIDGLCRRCGSCEETLEHALRDCGWVSTLWAVSPIRLQPVTQGMEFSIVEWFDKIRSCPHNEVHALFASLAWACWYARNLLVFQNKELSHIDCLRIAERALWSKPICAAAPHHSAPTLNNEGEGVCKIASDAALKEGSGVGIGAVLRQEDGQLMGCREKGVREVFAETDCQQLYWMLARQDRDLSYLGDTLEEIHLLKGSFQRLAFSWTPREGNSTADSLASFALSSLCCLSSFDVLP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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