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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004489`

染色体: Chr02 坐标: 67400075-67403466 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004489`
名称	SmilChr02G004489
描述	protein WHAT'S THIS FACTOR 1 homolog, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	67400075 - 67403466 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010033`
GeneID	`131010033`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010033`
原始查询	`LOC131010033`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein WHAT'S THIS FACTOR 1 homolog, chloroplastic
产物	protein WHAT'S THIS FACTOR 1 homolog%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT2G31290` (AT2G31290) Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817686] identity=69; qcov=0.934; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0265900` - identity=51.4; qcov=0.858; evalue=3.13e-118; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF11955 (PORR)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010033

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057793408.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057793408.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793408.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793408.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057793408.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:67401172`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,B140,C2,C32,C68
`Chr2:67401461`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B12,B26,B36,B82,B86
`Chr2:67401518`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B130,B137
`Chr2:67401551`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B121,C80
`Chr2:67401619`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B115,C45,C83
`Chr2:67401904`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr2:67402010`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9
`Chr2:67402119`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	145	A1,A10,A11,A13,A16,A2,A22,A24,A25,A7,A9,B10,B100,B101,B102,B103,B105,B106,B107,B110,B111,B112,B117,B118,B12,B120,B122,B123,B124,B126,B128,B129,B13,B130,B131,B133,B134,B137,B138,B140,B16,B18,B19,B21,B22,B23,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B36,B4,B41,B42,B43,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B52,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B67,B70,B74,B75,B76,B77,B8,B80,B81,B82,B86,B88,B89,B9,B91,B93,B94,B96,B98,B99,C1,C16,C19,C2,C21,C22,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C31,C32,C34,C35,C36,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C47,C5,C50,C51,C53,C54,C55,C57,C58,C61,C63,C65,C68,C7,C70,C71,C72,C79,C83,C84,C86,C9,D11,D2,D4,D6,D7,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793408.1

420 aa

210

420

PORR

PF11955 PORR 36-352 aa

XP_057793409.1

420 aa

210

420

PORR

PF11955 PORR 36-352 aa

XP_057793410.1

408 aa

204

408

PORR

PF11955 PORR 36-352 aa

XP_057793411.1

408 aa

204

408

PORR

PF11955 PORR 36-352 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793408.1`	Pfam	`PF11955`	PORR	Family	36	352	9.9e-108	360.7	Plant organelle RNA recognition domain
`XP_057793409.1`	Pfam	`PF11955`	PORR	Family	36	352	9.9e-108	360.7	Plant organelle RNA recognition domain
`XP_057793410.1`	Pfam	`PF11955`	PORR	Family	36	352	9e-108	360.8	Plant organelle RNA recognition domain
`XP_057793411.1`	Pfam	`PF11955`	PORR	Family	36	352	9e-108	360.8	Plant organelle RNA recognition domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937427.1
TGTCATGTGTGCTATCCAATTCGGAGATCCATAGACATATGCTCGTTTTGACCCGACCCAGGCCCAAACACATCTCCATCCCCCAGAAATCGGAAATCAAGGAGTAGATCTCTTCCAATTCGCCTCCGCCGTCGCCGCTCAAATCCGATCAAGGCCGGGTCTGCCCAATTCGATCTCCCTCCGCCCGCAGGGCCCTACCGGGTCACCGCCGGTTCTGAGCTCATCGCCCTTGCCTTCTCCGGTGTCGCCGCTGCCGTCAA...

XM_057937428.1
TGTCATGTGTGCTATCCAATTCGGAGATCCATAGACATATGCTCGTTTTGACCCGACCCAGGCCCAAACACATCTCCATCCCCCAGAAATCGGAAATCAAGGAGTAGATCTCTTCCAATTCGCCTCCGCCGTCGCCGCTCAAATCCGATCAAGGCCGGGTCTGCCCAATTCGATCTCCCTCCGCCCGCAGGGCCCTACCGGGTCACCGCCGGTTCTGAGCTCATCGCCCTTGCCTTCTCCGGTGTCGCCGCTGCCGTCAA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC131010033
ATGGTAACAGTTGAATACCACAGAAGATTTAAATGGTGGAGTTTTTGTATATATGCACCACCTTATTATCACCATTTGCAAAGAAGATTTTCCTTGTGGTCAATGAAGAAAGATCCTGATCTTGAATCCGCCCTGTCTAGGAACCATAGATGGATGGTGAATAATCAGATCAAGAACATAATCCTCAGATGCCCCGATCAAGTTGCGTCTGTTGATCACATCCAGAAGAAGTTCAAGAGCCTCGACCTTCAGGGGAAGGC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057793408.1
MVTVEYHRRFKWWSFCIYAPPYYHHLQRRFSLWSMKKDPDLESALSRNHRWMVNNQIKNIILRCPDQVASVDHIQKKFKSLDLQGKAPNWLKKYPCCFEVYRENNQYFCRLTKRMKFLVEEEESVKDLQEHVFVERLAKLLMMSRNQRLNVSKVNELKRNFGFPDDYLLRIVPKHTDMFRVVNYTGRRSSMDIELISWNPDFAVSAVEKSAKKKGSEPSFSCSLPATWVKSWERFHEFNSTPYISPYADSSVMVEGTVEM...

XP_057793409.1
MVTVEYHRRFKWWSFCIYAPPYYHHLQRRFSLWSMKKDPDLESALSRNHRWMVNNQIKNIILRCPDQVASVDHIQKKFKSLDLQGKAPNWLKKYPCCFEVYRENNQYFCRLTKRMKFLVEEEESVKDLQEHVFVERLAKLLMMSRNQRLNVSKVNELKRNFGFPDDYLLRIVPKHTDMFRVVNYTGRRSSMDIELISWNPDFAVSAVEKSAKKKGSEPSFSCSLPATWVKSWERFHEFNSTPYISPYADSSVMVEGTVEM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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