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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003021

染色体: Chr02 坐标: 50897870-50901111 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003021
名称SmilChr02G003021
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向50897870 - 50901111 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010043
GeneID131010043
locus_tag-
NCBI NameLOC131010043
原始查询LOC131010043

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=43.1; qcov=0.985; evalue=0; confidence=medium
RiceOs01g0523100 (P0516D04.31)
-
identity=43.6; qcov=0.999; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010043

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057793423.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793423.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793423.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793423.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793423.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:50897886 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 2 C22,C36
Chr2:50897886 C CAA 2bp_insertion CDS_variant 2 C22,C36
Chr2:50898064 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 D3
Chr2:50898064 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 D3
Chr2:50898098 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 1 C42
Chr2:50898098 ATC A 2bp_deletion CDS_variant 1 C42
Chr2:50898115 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B80
Chr2:50898116 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 4 B115,B62,C11,C46
Chr2:50898116 TC T 1bp_deletion CDS_variant 4 B115,B62,C11,C46
Chr2:50898119 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 A20,A24,B113,B22,C22,C41,C78
Chr2:50898222 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 1 C61
Chr2:50898222 T TA 1bp_insertion CDS_variant 1 C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793423.1
1011 aa
N
1
506
1011
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 29-65 aa PF00560 LRR_1 96-117 aa PF00560 LRR_1 119-141 aa PF23598 LRR_14 137-317 aa PF00560 LRR_1 167-189 aa PF00560 LRR_1 264-285 aa PF23598 LRR_14 322-469 aa PF00560 LRR_1 339-360 aa PF00560 LRR_1 363-385 aa PF00560 LRR_1 411-433 aa PF13855 LRR_8 411-470 aa PF00560 LRR_1 459-481 aa PF13855 LRR_8 549-590 aa PF00560 LRR_1 557-576 aa PF00069 Pkinase 698-930 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 700-990 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793423.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 29 65 2.2e-12 47.7 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057793423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 96 117 2.9e-40 128.2 Leucine Rich Repeat
XP_057793423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 119 141 2.9e-40 128.2 Leucine Rich Repeat
XP_057793423.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 137 317 2e-31 109.8 Leucine-rich repeat region
XP_057793423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 167 189 2.9e-40 128.2 Leucine Rich Repeat
XP_057793423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 264 285 2.9e-40 128.2 Leucine Rich Repeat
XP_057793423.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 322 469 2e-31 109.8 Leucine-rich repeat region
XP_057793423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 339 360 2.9e-40 128.2 Leucine Rich Repeat
XP_057793423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 363 385 2.9e-40 128.2 Leucine Rich Repeat
XP_057793423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 411 433 2.9e-40 128.2 Leucine Rich Repeat
XP_057793423.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 411 470 1.9e-30 105.1 Leucine rich repeat
XP_057793423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 459 481 2.9e-40 128.2 Leucine Rich Repeat
XP_057793423.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 549 590 1.9e-30 105.1 Leucine rich repeat
XP_057793423.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 557 576 2.9e-40 128.2 Leucine Rich Repeat
XP_057793423.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 698 930 7e-35 121.4 Protein kinase domain
XP_057793423.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 700 990 4.6e-39 135.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937440.1
CCCAAAAACACCATGGCAAAACCTTCCATCTCCATCCCTTTGATTTTAGTTTTACTACCACTCATGACCACCATTCCTCCTTCACACTCCACCAACCACACCGATCTCGAAGCTCTCCTCGCCTTCAAGAAATCCATACGCAACGATCCTCTGAGCTCGTGGAACGAGACAACCCATTTCTGCAGGTGGAACGGCGTCGCATGCAGCAGAAAGCATCCAGACAGAGTCATCTCTCTCTCTCTGCGCTCCCAAGGCCTCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010043
ATGGCAAAACCTTCCATCTCCATCCCTTTGATTTTAGTTTTACTACCACTCATGACCACCATTCCTCCTTCACACTCCACCAACCACACCGATCTCGAAGCTCTCCTCGCCTTCAAGAAATCCATACGCAACGATCCTCTGAGCTCGTGGAACGAGACAACCCATTTCTGCAGGTGGAACGGCGTCGCATGCAGCAGAAAGCATCCAGACAGAGTCATCTCTCTCTCTCTGCGCTCCCAAGGCCTCGAGGGATCTCTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793423.1
MAKPSISIPLILVLLPLMTTIPPSHSTNHTDLEALLAFKKSIRNDPLSSWNETTHFCRWNGVACSRKHPDRVISLSLRSQGLEGSLSPHIGNLSFLRNIDLQNNRLFGPIPQEIGRLRRLQSLELGNNSFTGGIPTNLSHCPDLYLLDLIRNQLTGPIVPEIGSLLRLQQLVLSRNLFSGTIPPFIGNLTNLFQLSLTYCGLVGEIPESLVRLRRMRYLYLFANNLTGSIPRGLYNLSSMEEFAFGSNQLHGTIPSDIVF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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