Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003026`

染色体: Chr02 坐标: 50925664-50928932 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003026`
名称	SmilChr02G003026
描述	NAC domain-containing protein 30-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	50925664 - 50928932 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010048`
GeneID	`131010048`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010048`
原始查询	`LOC131010048`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	NAC domain-containing protein 30-like
产物	NAC domain-containing protein 30-like
Arabidopsis	`AT1G71930` (VND7) vascular related NAC-domain protein 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843524] identity=53.9; qcov=1.05; evalue=3.4e-105; confidence=high
Rice	`Os08g0103900` (ONAC031) - identity=64.2; qcov=0.696; evalue=1.53e-91; confidence=high
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF02365 (NAM)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010048

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057793427.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793427.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793427.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057793427.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057793427.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:50925911`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:50926073`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:50926097`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,B23
`Chr2:50926109`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:50926143`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C46
`Chr2:50927655`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B57
`Chr2:50927676`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793427.1

309 aa

154

309

NAM

PF02365 NAM 8-135 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793427.1`	Pfam	`PF02365`	NAM	Family	8	135	1.1e-47	162.2	No apical meristem (NAM) protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937444.1
TCATGCTCATATAAATATTCATTACATATCTCTCTCGCCACCAAATTTAACCAACATTTGATAACTTGTTATCCGCTATTTGCTTCATTAACATTGCATATTCATCACCCTCTCTCTCTCTCTATTTCTATATCTCTCTCTCTCTATATATATATACGCACACACACATATATCGACAGACCATTCTCTCTATAAGTTTCTCTCTCTATCTCTCAAGAACCGGACGATCGCGCGAGCTTCGATTGGAGAAGAAGATGGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010048
ATGGACATGGAGTCGTGCGTCCCCCCCGGCTTCCGATTCCACCCCACCGAGGAAGAGCTCGTAGGCTACTACCTCAAGAGGAAGATCGATGATCTGAAAATCGACCTCGACGTCATCATCGAGGTCGATCTCTACAAAATTGAGCCATGGGACATTCAAGATAGGTGCAAATTGGGATATGAAGAGCAGAATGAGTGGTACTTCTTCAGCCACAAGGATAGGAAGTATCCGACGGGGACGCGGACCAATAGGGCGACGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793427.1
MDMESCVPPGFRFHPTEEELVGYYLKRKIDDLKIDLDVIIEVDLYKIEPWDIQDRCKLGYEEQNEWYFFSHKDRKYPTGTRTNRATTAGFWKATGRDKAVLSKDKIIGMRKTLVFYKGRAPNGRKTDWIMHEYRLQTFEHGPQEEGWVVCRAFKKPNPSHKQGYEAWNYMRSSNMSSSSSSGSYCYRPPSYPNLPSYDPNQNLHQRPPFSAAEALKPSSCAFDGQMVEIPKLDSPSSFATNNDSSFANEEAHEDIKSNFG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器