Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003548

染色体: Chr01 坐标: 54072517-54072990 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003548
名称SmilChr01G003548
描述uncharacterized SmilChr01G003548
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向54072517 - 54072990 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010054
GeneID131010054
locus_tag-
NCBI NameLOC131010054
原始查询LOC131010054

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low
产物hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT2G02650 (AT2G02650)
Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814794]
identity=30.3; qcov=0.484; evalue=5.36e-06; confidence=low
RiceOs02g0118800
-
identity=28.6; qcov=0.847; evalue=1.48e-06; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF13966 (zf-RVT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010054

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057793433.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057793433.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057793433.1
4 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057793433.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793433.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793433.1
157 aa
N
1
78
157
zf-RVT
C
PF13966 zf-RVT 4-95 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793433.1 Pfam PF13966 zf-RVT Domain 4 95 1.7e-13 51.7 zinc-binding in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937450.1
ATGGGAATTTTCACAGTCAAAGTGGCGTACAAAGCTCTTAGCAACGGAGCAAGCGATCATCAAAGCAAAAACTTGAATTCTCCATCTTTTGGAACGCTCCGGCATCGCATAAGGCAAAAAACAACTGCTTGGAGGATCATGGATGGAAGATTGGCTACGTGTGATAATCTTCTGAAGAGGCAGGTTTCAGTCCCGATCACGGAGACAGTTTGCGCCCTCTGTAAGCTGCAGCTCGAAGACACAAATCATCTCTTCTTTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010054
ATGGGAATTTTCACAGTCAAAGTGGCGTACAAAGCTCTTAGCAACGGAGCAAGCGATCATCAAAGCAAAAACTTGAATTCTCCATCTTTTGGAACGCTCCGGCATCGCATAAGGCAAAAAACAACTGCTTGGAGGATCATGGATGGAAGATTGGCTACGTGTGATAATCTTCTGAAGAGGCAGGTTTCAGTCCCGATCACGGAGACAGTTTGCGCCCTCTGTAAGCTGCAGCTCGAAGACACAAATCATCTCTTCTTTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793433.1
MGIFTVKVAYKALSNGASDHQSKNLNSPSFGTLRHRIRQKTTAWRIMDGRLATCDNLLKRQVSVPITETVCALCKLQLEDTNHLFFSCQKTTEIWYEVLLWLGKQLALPSNAKDHLFNLHKSWVQERRKISFRSSDLCCMGASGMEGMIADLTKEVG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器