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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003550

染色体: Chr01 坐标: 54104430-54106142 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003550
名称SmilChr01G003550
描述uncharacterized SmilChr01G003550
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向54104430 - 54106142 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010072
GeneID131010072
locus_tag-
NCBI NameLOC131010072
原始查询LOC131010072

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G01050 (AT2G01050)
zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]
identity=30.2; qcov=0.319; evalue=9.03e-24; confidence=low
RiceOs12g0156200
-
identity=22.3; qcov=0.377; evalue=3.08e-07; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010072

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057793450.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057793450.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057793450.1
4 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.40000 XP_057793450.1
5 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.40000 XP_057793450.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:54104828 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr1:54105087 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B22,B79,C58,C75
Chr1:54105137 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B120,B19,B77
Chr1:54105228 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr1:54105287 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B105,C54,C82
Chr1:54105287 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,C54,C82
Chr1:54105316 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr1:54105452 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C41
Chr1:54105452 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr1:54105460 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937467.1
ATGCGTCCGCCTCCCAGGGGGTCGGGTACTGATTCCGACGCGGTTGCCGTCGGAATGCGATCTACTGGTAATTCATCAAATCTTACAGATAAGCAACCCACCCAGATTCTCACTTATTCCGACATCGTTAGCATCTCCCCTAAGAATGACGATAGAGTTTCTTATGCGAAGGCTACTGGCAAGAAGCCGGTGAAAATACAGGATTTGGCTGCTCACATTTTTCATGATCTGCGGCCTACTAAGGAGGGCGATCAGTTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010072
ATGCGTCCGCCTCCCAGGGGGTCGGGTACTGATTCCGACGCGGTTGCCGTCGGAATGCGATCTACTGGTAATTCATCAAATCTTACAGATAAGCAACCCACCCAGATTCTCACTTATTCCGACATCGTTAGCATCTCCCCTAAGAATGACGATAGAGTTTCTTATGCGAAGGCTACTGGCAAGAAGCCGGTGAAAATACAGGATTTGGCTGCTCACATTTTTCATGATCTGCGGCCTACTAAGGAGGGCGATCAGTTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793450.1
MRPPPRGSGTDSDAVAVGMRSTGNSSNLTDKQPTQILTYSDIVSISPKNDDRVSYAKATGKKPVKIQDLAAHIFHDLRPTKEGDQFSLKIPKDLYLNEIKAFEFALTGRLFLQKGDKPRSTMELKWELQRLWSLASDWQLIPLGKGYFTLRFTTAEDKATAKGKAVWELSKGLLRLREWTRNFDPFKENSPLADVWVRIHYLPIEYWNPQVISGIGRYLGHPLKIDGASARRDFGQFARILVEIDMSQNLPSTLLIDGED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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