Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003060

染色体: Chr02 坐标: 51388125-51410263 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003060
名称SmilChr02G003060
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向51388125 - 51410263 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010078
GeneID131010078
locus_tag-
NCBI NameLOC131010078
原始查询LOC131010078

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g47570
ArabidopsisAT5G46330 (FLS2)
Leucine-rich receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834676]
identity=33.2; qcov=1.06; evalue=0; confidence=low
RiceOs11g0694600
-
identity=39.2; qcov=1; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGGsmil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010078

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057793454.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793454.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793454.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793454.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793454.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:51389173 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr2:51389178 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr2:51389252 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,C45
Chr2:51389640 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B125,B13,B47,C46
Chr2:51389768 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr2:51389890 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B111,B42
Chr2:51389890 A AT 1bp_insertion CDS_variant 2 B111,B42
Chr2:51390124 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B115,D3
Chr2:51390173 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B115
Chr2:51390239 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 3 B112,B34,B44
Chr2:51390239 C CA 1bp_insertion CDS_variant 3 B112,B34,B44
Chr2:51390635 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A15,B140,B56,B74,C19,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793454.1
1118 aa
N
1
559
1118
LRRNT_2
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 31-67 aa PF00560 LRR_1 98-119 aa PF13855 LRR_8 98-156 aa PF00560 LRR_1 145-166 aa PF00560 LRR_1 170-192 aa PF00560 LRR_1 195-215 aa PF23598 LRR_14 241-346 aa PF00560 LRR_1 292-314 aa PF00560 LRR_1 316-338 aa PF00560 LRR_1 365-384 aa PF00560 LRR_1 389-410 aa PF00560 LRR_1 413-430 aa PF00560 LRR_1 468-490 aa PF00560 LRR_1 518-539 aa PF13855 LRR_8 565-624 aa PF00560 LRR_1 589-611 aa PF00560 LRR_1 613-635 aa PF00560 LRR_1 661-682 aa PF00560 LRR_1 686-707 aa PF00560 LRR_1 710-726 aa PF00069 Pkinase 829-1091 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 832-1090 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793454.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 31 67 1.2e-11 45.4 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057793454.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 98 119 1.2e-52 165.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793454.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 98 156 3.4e-47 158.8 Leucine rich repeat
XP_057793454.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 145 166 1.2e-52 165.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793454.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 170 192 1.2e-52 165.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793454.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 195 215 1.2e-52 165.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793454.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 241 346 3.5e-42 145.1 Leucine-rich repeat region
XP_057793454.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 292 314 1.2e-52 165.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793454.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 316 338 1.2e-52 165.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793454.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 365 384 1.2e-52 165.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793454.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 389 410 1.2e-52 165.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793454.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 413 430 1.2e-52 165.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793454.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 468 490 1.2e-52 165.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793454.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 518 539 1.2e-52 165.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793454.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 565 624 3.4e-47 158.8 Leucine rich repeat
XP_057793454.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 589 611 1.2e-52 165.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793454.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 613 635 1.2e-52 165.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793454.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 661 682 1.2e-52 165.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793454.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 686 707 1.2e-52 165.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793454.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 710 726 1.2e-52 165.1 Leucine Rich Repeat
XP_057793454.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 829 1091 4.4e-43 148.3 Protein kinase domain
XP_057793454.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 832 1090 5e-43 148.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009096472.1
TTACACCAAATAAAGAAACTAGGTAGCACAACAATGGATAACTCCTTATTCCGTCATGGTGTTTTGTTATTGATATGCAACTTGTTTTCCCTCAGCTTATCCCAATCTCTCTCGAATCTCACCACTGATGAACACGCTCTCATCGCCTTGAAAAACTCCATCATTCCAAACCATAATAAGCTCGAAAACTGGTCCACTCGCAACCCCATCTGCGGATGGACCGGCGTCTCTTGCGGCGCCAAACACCGCCGCGTCACGGC...
XM_057937471.1
TTACACCAAATAAAGAAACTAGGTAGCACAACAATGGATAACTCCTTATTCCGTCATGGTGTTTTGTTATTGATATGCAACTTGTTTTCCCTCAGCTTATCCCAATCTCTCTCGAATCTCACCACTGATGAACACGCTCTCATCGCCTTGAAAAACTCCATCATTCCAAACCATAATAAGCTCGAAAACTGGTCCACTCGCAACCCCATCTGCGGATGGACCGGCGTCTCTTGCGGCGCCAAACACCGCCGCGTCACGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010078
ATGGATAACTCCTTATTCCGTCATGGTGTTTTGTTATTGATATGCAACTTGTTTTCCCTCAGCTTATCCCAATCTCTCTCGAATCTCACCACTGATGAACACGCTCTCATCGCCTTGAAAAACTCCATCATTCCAAACCATAATAAGCTCGAAAACTGGTCCACTCGCAACCCCATCTGCGGATGGACCGGCGTCTCTTGCGGCGCCAAACACCGCCGCGTCACGGCCCTAAATCTCACTGCCCTCGGCCTCCGAGGAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793454.1
MDNSLFRHGVLLLICNLFSLSLSQSLSNLTTDEHALIALKNSIIPNHNKLENWSTRNPICGWTGVSCGAKHRRVTALNLTALGLRGTLPPHLGNLTFLRSLDIRSNNFTGVLPSELSKLRRLEYMNAASNNFTGAIPSWLVGLSQLRRLYLHSNRFSGGIPSSLFNVSSRLEVLNLENNQLINGSIPDAIFNISSLIYLNLGRNRLSGKIPNNMCTNTPKLGIFMVGGNQLYGEIPRNIGKCMELEVLELQANYFNGNIP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器