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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003085

染色体: Chr02 坐标: 51753771-51754938 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003085
名称SmilChr02G003085
描述F-box protein CPR1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向51753771 - 51754938 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010099
GeneID131010099
locus_tag-
NCBI NameLOC131010099
原始查询LOC131010099

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box protein CPR1-like
产物F-box protein CPR1-like
ArabidopsisAT4G12560 (CPR1)
F-box and associated interaction domains-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826869]
identity=30.8; qcov=0.812; evalue=6.96e-10; confidence=low
RiceOs09g0447600
-
identity=25.7; qcov=0.944; evalue=7.72e-07; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00646 (F-box)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010099

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057793481.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057793481.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057793481.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793481.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793481.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:51753799 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B30,B32,B36,B51,C37
Chr2:51753929 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,D11
Chr2:51753939 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr2:51753945 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr2:51753981 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr2:51753984 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr2:51753986 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B78,B81,B83,C76
Chr2:51753993 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,B109,B27,B74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793481.1
144 aa
N
1
72
144
F-box
C
PF00646 F-box 7-45 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793481.1 Pfam PF00646 F-box Domain 7 45 1.2e-06 28.9 F-box domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937498.1
ATGGAGCCAGATTTGTTCACAAATGTACCGTTAGAAATCATGAGCAATATCCTCTCAAGGCTCCCTCTTCGATCCATTGTAATAAGCAAGTGCGTTTGTAAACCATGGCTCCATCTCCTCGAGACTGATGATTTCGTCAAGTCCCATCTCTCTAAACCCGCTCTAGCCGTCTTGGCACAGGACTCAACTCTGTTCGCAGTTTTCAATCTCGAAGACGAAGACGGAGTCGATCTCGAGAGCCACGATCTTCACTACAATCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010099
ATGGAGCCAGATTTGTTCACAAATGTACCGTTAGAAATCATGAGCAATATCCTCTCAAGGCTCCCTCTTCGATCCATTGTAATAAGCAAGTGCGTTTGTAAACCATGGCTCCATCTCCTCGAGACTGATGATTTCGTCAAGTCCCATCTCTCTAAACCCGCTCTAGCCGTCTTGGCACAGGACTCAACTCTGTTCGCAGTTTTCAATCTCGAAGACGAAGACGGAGTCGATCTCGAGAGCCACGATCTTCACTACAATCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793481.1
MEPDLFTNVPLEIMSNILSRLPLRSIVISKCVCKPWLHLLETDDFVKSHLSKPALAVLAQDSTLFAVFNLEDEDGVDLESHDLHYNPVTDFDIPYSRGATTVEATSANGLLLIFSKPETLYICNPLYAALKNPAIHIGGFVDLE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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