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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003089

染色体: Chr02 坐标: 51769788-51771394 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003089
名称SmilChr02G003089
描述uncharacterized SmilChr02G003089
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向51769788 - 51771394 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010101
GeneID131010101
locus_tag-
NCBI NameLOC131010101
原始查询LOC131010101

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010101

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793483.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057793483.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057793483.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793483.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793483.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:51770002 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr2:51770033 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,B11,C44,C55
Chr2:51770037 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 4 B68,B72,B76,C46
Chr2:51770037 G GT 1bp_insertion CDS_variant 4 B68,B72,B76,C46
Chr2:51770060 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B51
Chr2:51770060 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B51
Chr2:51770075 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C28,C64
Chr2:51770197 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 205 A1,A14,A15,A16,A18,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B120,B121,B122,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B131,B133,B134,B136,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B43,B44,B49,B50,B51,B52,B53,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B66,B67,B69,B70,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B82,B84,B86,B87,B88,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C51,C52,C53,C57,C58,C59,C61,C63,C64,C67,C7,C70,C72,C73,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D2,D3,D5,D7,D8,D9
Chr2:51770463 TGG T 2bp_deletion frameshift_variant 28 A14,B10,B105,B126,B27,B38,B52,B55,B60,B61,B70,B73,B79,B82,B88,B90,B94,B96,B99,C21,C26,C28,C35,C57,C75,C78,C79,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937500.1
ATTAAGTAAAATAAATATTTATCATTTTCATCCACAAATTACCCCTAAGGCAAAAGATAAAATATAAAAGCAAAAGTAAAAGGTAAAAAAGAGAGTAAATTTATAACCCTAGTTCAGTTCACCTTTCCCTTGCTCCGCCGCCGCCATCCTCCTTTCTGTGCCAATCTGCTCCCAACGTCTTTTCTCCTTTTTCAGCTCAAATAATTATCCGATTGTTCTTCTCCGTGTCTCTATACAAGTAAATTTGTTCGAATCTTACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010101
ATGGTATGGTCAGATCCATACCCCATGGAGCAGATTTTTTGTTTTGATTTGGAAACAGAGTGTTTTAGCAGACTTAACGTTCCTCCTCTTCGAAGAAGCATAATGAGCAGGCTCTTGTTTACTTTGAGGGATTGCCTATGTTTTTGCGATGACGATGAGGATGAGGGTGATGGCACTGGCAGGGTTGTTATATGGATGATGAAGGAATATGGGGTCGAGAAATCTTGGACAAAAGAATACGTGGTCACCCCAAATCTTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793483.1
MVWSDPYPMEQIFCFDLETECFSRLNVPPLRRSIMSRLLFTLRDCLCFCDDDEDEGDGTGRVVIWMMKEYGVEKSWTKEYVVTPNLAYLDNCGHGLDKFPFQLLQPIKVFKNGDLLMLCGGKMFMYHSKHTKTTREIGGFVGQGEEFDHLHSLLLTPSLVSLKSFAGMENENVISF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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