当前解析结果
SmilChr02G003096| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003096 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003096 |
| 描述 | protein DMP7-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 51829447 - 51832225 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131010108 |
|---|---|
| GeneID | 131010108 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010108 |
| 原始查询 | LOC131010108 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein DMP7-like |
| 产物 | protein DMP7-like |
| Arabidopsis | AT5G46090 (AT5G46090)transmembrane protein, putative (DUF679) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834650] identity=32; qcov=0.772; evalue=1.02e-30; confidence=low |
| Rice | Os01g0882400- identity=62.4; qcov=0.719; evalue=4.57e-75; confidence=high |
| GO | GO:0010256 (endomembrane system organization) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05078 (DUF679) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010108 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.80000 | XP_057793492.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.60000 | XP_057793492.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.60000 | XP_057793492.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.40000 | XP_057793492.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057793492.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:51829751 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B46,B55,B8,C8,D4 |
Chr2:51829877 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 8 | A3,B102,B124,B91,C48,C51,C87,D2 |
Chr2:51830123 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A9,D1 |
Chr2:51830339 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 93 | A11,A14,A20,A21,A23,A24,A4,A7,B101,B104,B107,B11,B110,B113,B115,B117,B12,B120,B122,B125,B127,B129,B13,B14,B140,B22,B23,B24,B28,B3,B31,B37,B4,B40,B41,B42,B43,B46,B48,B5,B51,B52,B54,B55,B59,B63,B67,B69,B77,B79,B80,B81,B83,B87,B88,B89,B90,B91,B92,B95,B97,B98,C11,C14,C16,C18,C19,C2,C22,C24,C27,C36,C4,C40,C41,C42,C44,C54,C55,C64,C65,C66,C69,C7,C73,C76,C8,C81,C83,C9,D3,D7,D8 |
Chr2:51830341 |
GGT |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 93 | A11,A14,A20,A21,A23,A24,A4,A7,B101,B104,B107,B11,B110,B113,B115,B117,B12,B120,B122,B125,B127,B129,B13,B14,B140,B22,B23,B24,B28,B3,B31,B37,B4,B40,B41,B42,B43,B46,B48,B5,B51,B52,B54,B55,B59,B63,B67,B69,B77,B79,B80,B81,B83,B87,B88,B89,B90,B91,B92,B95,B97,B98,C11,C14,C16,C18,C19,C2,C22,C24,C27,C36,C4,C40,C41,C42,C44,C54,C55,C64,C65,C66,C69,C7,C73,C76,C8,C81,C83,C9,D3,D7,D8 |
Chr2:51830396 |
C |
CAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 8 | B103,B12,B129,B21,B37,B46,B68,B73 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793492.1PF05078
DUF679 93-250 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793492.1 |
Pfam | PF05078 |
DUF679 | Family | 93 | 250 | 3.5e-52 | 177.3 | Protein of unknown function (DUF679) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。