Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003118`

染色体: Chr02 坐标: 52204851-52206767 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003118`
名称	SmilChr02G003118
描述	sucrose transport protein-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	52204851 - 52206767 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010123`
GeneID	`131010123`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010123`
原始查询	`LOC131010123`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	sucrose transport protein-like
产物	sucrose transport protein-like
Arabidopsis	`AT1G22710` (SUC2) sucrose-proton symporter 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838877] identity=64.3; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os12g0641400` (OsSUT2) - identity=49.3; qcov=0.941; evalue=3.31e-146; confidence=high
GO	GO:0005773 (vacuole); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0008506 (sucrose:proton symporter activity); GO:0015770 (sucrose transport); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF07690 (MFS_1); PF13347 (MFS_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010123

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057793519.1`
2	Vesicle	囊泡	0.40000	`XP_057793519.1`
3	Lysosome membrane	溶酶体膜	0.20000	`XP_057793519.1`
4	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057793519.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057793519.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:52206390`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793519.1

505 aa

252

505

MFS_1

MFS_2

PF07690 MFS_1 34-368 aa PF13347 MFS_2 40-290 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793519.1`	Pfam	`PF07690`	MFS_1	Family	34	368	1.5e-14	54.4	Major Facilitator Superfamily
`XP_057793519.1`	Pfam	`PF13347`	MFS_2	Family	40	290	1.4e-13	50.9	MFS/sugar transport protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937536.1
GTCGATAGAGGAAGAGAGATCGCATCTGGTGAGAGAGAGTGAGATAGCAGAATGACGGTTGAAGATGAAAACGTGGGTCCATCTTCTCTAGAGATACAGCAATCGGGGCAGGCGAAGGCGCCGATGAAAGTAGTAATTGTGGTGGCGGCGATAGCGGCGGGAGTGCAATTCGGGTGGGCCCTACAGCTGTCCCTGCTAACCCCATACGTGCAGTTGCTGGGAGTTCCCCACACGTGGGCTGCCTTCGTGTGGCTGTGCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010123
ATGACGGTTGAAGATGAAAACGTGGGTCCATCTTCTCTAGAGATACAGCAATCGGGGCAGGCGAAGGCGCCGATGAAAGTAGTAATTGTGGTGGCGGCGATAGCGGCGGGAGTGCAATTCGGGTGGGCCCTACAGCTGTCCCTGCTAACCCCATACGTGCAGTTGCTGGGAGTTCCCCACACGTGGGCTGCCTTCGTGTGGCTGTGCGGCCCCATCTCCGGTTTGCTGGTGCAGCCCATCGCCGGCTACTACAGCGACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793519.1
MTVEDENVGPSSLEIQQSGQAKAPMKVVIVVAAIAAGVQFGWALQLSLLTPYVQLLGVPHTWAAFVWLCGPISGLLVQPIAGYYSDNCTSRFGRRRPFIAGGAILVAIAVFLIGFAADIGVASGDPTGKAPKPRATAVFVVGFWILDVANNTLQGPCRALLADLSGGEARRMSTSNALFSFFMAVGNVLGYAAGSYTHLYKILPFSKTEACDVYCANLKVCFMIAIAILLIITILALVFVRETPQEAAEPDPAKKGQIPV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器