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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003605`

染色体: Chr01 坐标: 54584642-54585124 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003605`
名称	SmilChr01G003605
描述	probable E3 ubiquitin-protein ligase RHA1A
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	54584642 - 54585124 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010159`
GeneID	`131010159`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010159`
原始查询	`LOC131010159`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable E3 ubiquitin-protein ligase RHA1A
产物	probable E3 ubiquitin-protein ligase RHA1A
Arabidopsis	`AT4G11360` (RHA1B) RING-H2 finger A1B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826738] identity=50; qcov=0.362; evalue=1.58e-15; confidence=low
Rice	`Os07g0159600` (OJ1714_H10.111) - identity=42.9; qcov=0.35; evalue=3.67e-12; confidence=low
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF12678 (zf-rbx1); PF13445 (zf-RING_UBOX); PF13639 (zf-RING_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010159

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.80000	`XP_057793562.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057793562.1`
3	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.20000	`XP_057793562.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057793562.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793562.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:54584782`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B23,D2
`Chr1:54584928`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B2
`Chr1:54584928`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B2
`Chr1:54585001`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B84,C1,C16,C35
`Chr1:54585017`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:54585089`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B30,B57
`Chr1:54585089`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B30,B57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793562.1

160 aa

160

zf-rbx1

zf-RING_11

zf-RING_UBOX

zf-C3HC4

zf-RING_2

PF12678 zf-rbx1 68-112 aa PF17123 zf-RING_11 69-97 aa PF13445 zf-RING_UBOX 69-109 aa PF00097 zf-C3HC4 69-111 aa PF13639 zf-RING_2 69-112 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793562.1`	Pfam	`PF12678`	zf-rbx1	Domain	68	112	8.7e-08	33.0	RING-H2 zinc finger domain
`XP_057793562.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	69	97	5.8e-08	33.0	RING-like zinc finger
`XP_057793562.1`	Pfam	`PF13445`	zf-RING_UBOX	Domain	69	109	1.8e-06	28.5	RING-type zinc-finger
`XP_057793562.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	69	111	6.8e-08	33.0	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057793562.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	69	112	8.4e-12	45.9	Ring finger domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937579.1
ATGAAAGCTTTAACAAAGCTGTTGTGTTTCTCAAACGAAATCGTGGGCGATGTGGTGGAGCTCCTCCCCAAACTGCTCCGATTAATGGTGCTAGCCATCTGCAGTCTGTGGAAGCATTGGAAGCACACAACCTCCACCTACAAATACGCCTCCATCATCAACACCAAAACCTCCAATTTCGCAATCTCCGATAGCGAATATTGCTGCACCATCTGCCTCTCGGAGTTTGCGAGGGGAGACGAAGCGGCGGAGCTCGTGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010159
ATGAAAGCTTTAACAAAGCTGTTGTGTTTCTCAAACGAAATCGTGGGCGATGTGGTGGAGCTCCTCCCCAAACTGCTCCGATTAATGGTGCTAGCCATCTGCAGTCTGTGGAAGCATTGGAAGCACACAACCTCCACCTACAAATACGCCTCCATCATCAACACCAAAACCTCCAATTTCGCAATCTCCGATAGCGAATATTGCTGCACCATCTGCCTCTCGGAGTTTGCGAGGGGAGACGAAGCGGCGGAGCTCGTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793562.1
MKALTKLLCFSNEIVGDVVELLPKLLRLMVLAICSLWKHWKHTTSTYKYASIINTKTSNFAISDSEYCCTICLSEFARGDEAAELVDCRHVFHRRCLERWLRCHRATCPLCRSVVVPEAVVEEYRRTRMDRESDDGIHKELAHILFKVLHDRTRRHRFFF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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