Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003198`

染色体: Chr02 坐标: 53138855-53141382 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003198`
名称	SmilChr02G003198
描述	serine/threonine-protein kinase-like protein CCR4
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	53138855 - 53141382 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010181`
GeneID	`131010181`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010181`
原始查询	`LOC131010181`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	serine/threonine-protein kinase-like protein CCR4
产物	serine/threonine-protein kinase-like protein CCR4
Arabidopsis	`AT5G47850` (CCR4) CRINKLY4 related 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834836] identity=47.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0439600` (OsCRR1) - identity=43; qcov=1.02; evalue=6.83e-167; confidence=medium
GO	GO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010181

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057793588.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057793588.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793588.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793588.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057793588.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:53139078`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr2:53139195`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B115,B17,B5,B59,C45
`Chr2:53139250`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr2:53139275`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A22,B127,B23
`Chr2:53139360`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C42
`Chr2:53139396`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B115,B17,B5,B59,C45
`Chr2:53139429`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr2:53139723`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr2:53139771`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B129,B91
`Chr2:53139925`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr2:53139971`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr2:53140023`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793588.1

753 aa

376

753

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF00069 Pkinase 448-729 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 451-731 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793588.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	448	729	1e-42	147.1	Protein kinase domain
`XP_057793588.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	451	731	4.3e-44	151.5	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937605.1
ACTCAGTTTCAGACTCGGTCTTGGTCCTCACTCTCTCTCTCTCTAAACCGCGTAAATTCCCTTCCCTCCTCGCCTCCCAACTCCTTAAAACTCCCCCCAAAAACAAACCTTTGTTAATATAATAAAGAATCTTCATTTCTCTCTCTCTCTCATCGTTCACCACCACCACCATGAGAAAACCTTCTTGCAGCCCTTTCCAATGGCCATGAACGTTCCCCTTCTCTGCCTCCTCCTCATCTCCCTCCTCCCCTTCTCCCATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010181
ATGGCCATGAACGTTCCCCTTCTCTGCCTCCTCCTCATCTCCCTCCTCCCCTTCTCCCATTCCCTCTCTCCCTTCGCCATATCCGAAACCAATGACCAAACTCTAATCTGCGCGCTCGTCAAATCCCAAGACTCATCCTTTGCCCTCAGCTGCACCCTTTTCCCCCAAAGAGCTCAAATCAACCTCACCCCCGCGCCGCCGTCGCTCTCCGCCATCGCCGCCGGAGACGGCTTCCTCTGCGCCCTCAGCTCCTCCCACTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793588.1
MAMNVPLLCLLLISLLPFSHSLSPFAISETNDQTLICALVKSQDSSFALSCTLFPQRAQINLTPAPPSLSAIAAGDGFLCALSSSHSTNRSLIFCWRFSDATNPGNRKRVYNGSVLTDLSSANSRFCGVRGRDSAVECWPIGSAAGDGGAFASSLAVGEDFMCGLSASGEVACSGSDRNVADDVPVGRFNVVAAGFHRACGVRENGSLECWGGNLAGEAPEGEFKSVAVGEDRVCAIRTDERVVCWGEEGFSLPPSLRNV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器