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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003210

染色体: Chr02 坐标: 53280657-53285286 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003210
名称SmilChr02G003210
描述probable alkaline/neutral invertase D
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向53280657 - 53285286 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010182
GeneID131010182
locus_tag-
NCBI NameLOC131010182
原始查询LOC131010182

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable alkaline/neutral invertase D
产物probable alkaline/neutral invertase D
ArabidopsisAT4G09510 (CINV2)
cytosolic invertase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826535]
identity=87.1; qcov=0.979; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0550600 (OsNIN8)
-
identity=83.9; qcov=0.972; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004575 (sucrose alpha-glucosidase activity); GO:0005987 (sucrose catabolic process); GO:0033926 (endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase activity)
KEGGsmil00052 (Galactose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00500 (Starch and sucrose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF12899 (Glyco_hydro_100)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010182

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057793589.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057793589.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057793589.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793589.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793589.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:53282422 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr2:53282570 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,B24
Chr2:53282631 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,B24
Chr2:53282654 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr2:53282735 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B100,D4
Chr2:53283734 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B59,B89,C1,D9
Chr2:53283851 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B127,B23
Chr2:53284833 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,C71
Chr2:53284899 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,C71
Chr2:53284922 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B17,B97
Chr2:53284922 AC A 1bp_deletion CDS_variant 2 B17,B97
Chr2:53284950 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,B24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793589.1
569 aa
N
1
284
569
Glyco_hydro_100
C
PF12899 Glyco_hydro_100 107-543 aa
XP_057793590.1
569 aa
N
1
284
569
Glyco_hydro_100
C
PF12899 Glyco_hydro_100 107-543 aa
XP_057793591.1
569 aa
N
1
284
569
Glyco_hydro_100
C
PF12899 Glyco_hydro_100 107-543 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793589.1 Pfam PF12899 Glyco_hydro_100 Repeat 107 543 6.3e-220 731.1 Alkaline and neutral invertase
XP_057793590.1 Pfam PF12899 Glyco_hydro_100 Repeat 107 543 6.3e-220 731.1 Alkaline and neutral invertase
XP_057793591.1 Pfam PF12899 Glyco_hydro_100 Repeat 107 543 6.3e-220 731.1 Alkaline and neutral invertase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937608.1
GATTTAATTCATTTCCTCCATATGCCCTTTAATTTATTATTTTCCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTCTCACACACACACACACTGTCTCATTCTATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGGGTTGGTGGTTGGTTGGTTTGGCTATAAATTAAACCTCCGCCAGAATGATCTCTTTTTCCTCTCTCCTCCATTTTTTCACACTCCTCTCTATCTCTCTCTCTTGTTTTCTCTCCCGCCGGCCGCCTCTCCCGCCGGA...
XM_057937606.1
CACACACTGTCTCATTCTATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGGGTTGGTGGTTGGTTGGTTTGGCTATAAATTAAACCTCCGCCAGAATGATCTCTTTTTCCTCTCTCCTCCATTTTTTCACACTCCTCTCTATCTCTCTCTCTTGTTTTCTCTCCCGCCGGCCGCCTCTCCCGCCGGATATATCCCACCTATATAATCTTTGTCCCATTCCTCGACATATATATCTCCAAGGTCAGCTCTCTCTCTCACACTCTAGAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131010182
ATGGATTGTGTCAAGGTTCTTCTTGATGGTGGAAAGGGGGGAGTGGAAGGTGCAAAAGAGTCGGGGCTCAAGAACGTGAGTTCCCACTGCTCAATATCGGAGATGGATGATTATGATCTCTTGAAGCTACTTGAGAAGCCTAGGTTAAACATTGAGAGGCAGAGGTCGTTTGATGAGAGATCATTGAGCGAGTTATCAGTTGGTCTGTCGAGGGGATTAGATAATTACGAGAGTGCGTACTCACCGGGGCGGTCAGCATT...
LOC131010182
ATGGATTGTGTCAAGGTTCTTCTTGATGGTGGAAAGGGGGGAGTGGAAGGTGCAAAAGAGTCGGGGCTCAAGAACGTGAGTTCCCACTGCTCAATATCGGAGATGGATGATTATGATCTCTTGAAGCTACTTGAGAAGCCTAGGTTAAACATTGAGAGGCAGAGGTCGTTTGATGAGAGATCATTGAGCGAGTTATCAGTTGGTCTGTCGAGGGGATTAGATAATTACGAGAGTGCGTACTCACCGGGGCGGTCAGCATT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057793589.1
MDCVKVLLDGGKGGVEGAKESGLKNVSSHCSISEMDDYDLLKLLEKPRLNIERQRSFDERSLSELSVGLSRGLDNYESAYSPGRSALDTPASSARNSFEPHPMVADAWEALRRSLVHFRGQPVGTIAAYDHASEEVLNYDQVFVRDFVPSALAFLMNGEPDIVKNFLLKTLQLQGWEKRIDRFKLGEGAMPASFKVLHDPVRKTDTIIADFGESAIGRVAPVDSGFWWIILLRAYTKSTGDLSLAETPECQKGMRLILAL...
XP_057793590.1
MDCVKVLLDGGKGGVEGAKESGLKNVSSHCSISEMDDYDLLKLLEKPRLNIERQRSFDERSLSELSVGLSRGLDNYESAYSPGRSALDTPASSARNSFEPHPMVADAWEALRRSLVHFRGQPVGTIAAYDHASEEVLNYDQVFVRDFVPSALAFLMNGEPDIVKNFLLKTLQLQGWEKRIDRFKLGEGAMPASFKVLHDPVRKTDTIIADFGESAIGRVAPVDSGFWWIILLRAYTKSTGDLSLAETPECQKGMRLILAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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