当前解析结果
SmilChr02G003221| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003221 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003221 |
| 描述 | O-fucosyltransferase 9 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 53426847 - 53433684 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131010206 |
|---|---|
| GeneID | 131010206 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010206 |
| 原始查询 | LOC131010206 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | O-fucosyltransferase 9 |
| 产物 | O-fucosyltransferase 9 |
| Arabidopsis | AT1G35510 (AT1G35510)O-fucosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840444] identity=66.5; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os12g0174100- identity=65.7; qcov=0.809; evalue=0; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF10250 (O-FucT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010206 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057793605.1 |
| 2 | Golgi stack | 高尔基堆 | 0.20000 | XP_057793605.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057793605.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057793605.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057793605.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:53427066 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B103,B117,B24 |
Chr2:53427067 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B14 |
Chr2:53427110 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:53427113 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A3,B60,B82,C1 |
Chr2:53427145 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C84 |
Chr2:53427721 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C29,C6 |
Chr2:53427760 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B106,B73 |
Chr2:53427805 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A21 |
Chr2:53427844 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B1,B100,B68 |
Chr2:53428133 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B40,C54 |
Chr2:53428244 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A23,B72,C74 |
Chr2:53428678 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B131,C43,D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793605.1PF10250
O-FucT 177-506 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793605.1 |
Pfam | PF10250 |
O-FucT | Family | 177 | 506 | 1.6e-98 | 331.2 | GDP-fucose protein O-fucosyltransferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。