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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003226

染色体: Chr02 坐标: 53511675-53517254 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003226
名称SmilChr02G003226
描述protein PHOTOSYSTEM I ASSEMBLY 2, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向53511675 - 53517254 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010210
GeneID131010210
locus_tag-
NCBI NameLOC131010210
原始查询LOC131010210

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein PHOTOSYSTEM I ASSEMBLY 2, chloroplastic
产物protein PHOTOSYSTEM I ASSEMBLY 2%2C chloroplastic
ArabidopsisAT1G22630 (AT1G22630)
SSUH2-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838869]
identity=79.7; qcov=0.928; evalue=3.2e-33; confidence=medium
RiceOs05g0105800
-
identity=93.2; qcov=0.638; evalue=8.07e-25; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010210

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057793609.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057793610.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.60000 XP_057793609.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057793610.1
5 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057793610.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:53516557 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr2:53516564 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr2:53517016 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr2:53517052 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B122,B82,C60,C61
Chr2:53517140 T TGG 2bp_insertion frameshift_variant 2 B102,C42
Chr2:53517140 T TGG 2bp_insertion CDS_variant 2 B102,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009096510.1
GATTCACTTGTCATGGATGCCATACTCTCATTATCTATACACAAATCCCTCTTCCTAATAAAACACACACATCACACACTAACCAAGAACCAAAACATGAAGAGTTTGAACTTCACCTCTCCACCGCTCATTATTCCCACCACATCCCAACAAACACCAAGAAACCTCAAACCACATGCATCAAAATCTGGTGGCTTCTCACTCAAATCAGTGACAAATAGGTGCCAAACATGCAAAGGACAAGGTGCGGTAGAATGTGG...
XM_057937626.1
ATCGTCTCCGCGTGTGACCGGAGCATATCTATAGGCGCCCATAATACTTCCAAAGCATGATTCCAGATGGCACACTTTGATTCACTTGTCATGGATGCCATACTCTCATTATCTATACACAAATCCCTCTTCCTAATAAAACACACACATCACACACTAACCAAGAACCAAAACATGAAGAGTTTGAACTTCACCTCTCCACCGCTCATTATTCCCACCACATCCCAACAAACACCAAGAAACCTCAAACCACATGCATC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131010210
ATGGCACACTTTGATTCACTTGTCATGGATGCCATACTCTCATTATCTATACACAAATCCCTCTTCCTAATAAAACACACACATCACACACTAACCAAGAACCAAAACATGAAGAGTTTGAACTTCACCTCTCCACCGCTCATTATTCCCACCACATCCCAACAAACACCAAGAAACCTCAAACCACATGCATCAAAATCTGGTGGCTTCTCACTCAAATCAGTGACAAATAGGTGCCAAACATGCAAAGGACAAGGTGC...
LOC131010210
ATGCATCAAAATCTGGTGACAAATAGGTGCCAAACATGCAAAGGACAAGGTGCGGTAGAATGTGGAGGCTGCAAGGGAACGGGGAAGAACAAGAAGAACGGAAACATCTTCGAGAGGTGGAAGTGCTTCGACTGCCAGGGATTCGGGCTCAAGAGCTGCCCCGCCTGTGGGAAAGGCGGGCTGACGCCGGAGCAACGCGGAGAGAGATGA

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057793609.1
MAHFDSLVMDAILSLSIHKSLFLIKHTHHTLTKNQNMKSLNFTSPPLIIPTTSQQTPRNLKPHASKSGGFSLKSVTNRCQTCKGQGAVECGGCKGTGKNKKNGNIFERWKCFDCQGFGLKSCPACGKGGLTPEQRGER
XP_057793610.1
MHQNLVTNRCQTCKGQGAVECGGCKGTGKNKKNGNIFERWKCFDCQGFGLKSCPACGKGGLTPEQRGER

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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