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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003661

染色体: Chr01 坐标: 55031026-55032654 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003661
名称SmilChr01G003661
描述uncharacterized SmilChr01G003661
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向55031026 - 55032654 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010214
GeneID131010214
locus_tag-
NCBI NameLOC131010214
原始查询LOC131010214

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=35.5; qcov=0.465; evalue=4.42e-43; confidence=medium
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
PfamPF24964 (DUF7769)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010214

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793620.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057793620.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793620.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793620.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057793620.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:55031238 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,C37
Chr1:55031348 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B49
Chr1:55031348 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr1:55031400 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,B90,B92
Chr1:55031500 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B5,C57
Chr1:55031578 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B122,C30,C79,C80
Chr1:55031847 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 C53,C57,C64,C81,D2
Chr1:55031847 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C53,C57,C64,C81,D2
Chr1:55031907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,B73,C5
Chr1:55032209 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B121,B79,B81
Chr1:55032214 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr1:55032235 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793620.1
454 aa
N
1
227
454
DUF7769
C
PF24964 DUF7769 8-62 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793620.1 Pfam PF24964 DUF7769 Domain 8 62 3e-11 43.5 Domain of unknown function (DUF7769)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937637.1
ATGGCTATAGAAAGGCCAAAGTTACAAGATGATCAAAGAAACAAAGTTGCCCAATGGCTGTTAGAGCATAGCAGTGAAGGCAAACTTCGCCATGGAGCAAAAAAAGAGGCGGCACTTCACTTCAAAGTAAACTTGAAGACCATTTGGAGGATTTGGAGCCAAGTCTCCAATCAAAGAGCATCCGGTGTACCTGTCCAGGTTAAATCAATTAGAAAAGGATGTATACACAAGGATAAGATGCTCATTGATGGTGAAAAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010214
ATGGCTATAGAAAGGCCAAAGTTACAAGATGATCAAAGAAACAAAGTTGCCCAATGGCTGTTAGAGCATAGCAGTGAAGGCAAACTTCGCCATGGAGCAAAAAAAGAGGCGGCACTTCACTTCAAAGTAAACTTGAAGACCATTTGGAGGATTTGGAGCCAAGTCTCCAATCAAAGAGCATCCGGTGTACCTGTCCAGGTTAAATCAATTAGAAAAGGATGTATACACAAGGATAAGATGCTCATTGATGGTGAAAAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793620.1
MAIERPKLQDDQRNKVAQWLLEHSSEGKLRHGAKKEAALHFKVNLKTIWRIWSQVSNQRASGVPVQVKSIRKGCIHKDKMLIDGEKVKKLSVLERSTLRCMSTHLGVSKSLLHQWVKEKKLKPHTNAIKPFLTTQNKLCRLRWSLKQLSGVSEDGFIPFQSMYNTIHIDEKWFYLTKTNDRYYLMPDEEEPHRTCKSKRHIEKIMFMCAAARPIIDEDGTVIFDGKLGIYPFITTEPAQRNSKNRVKGTLKVKAIAAITK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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