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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003232

染色体: Chr02 坐标: 53597857-53598726 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003232
名称SmilChr02G003232
描述uncharacterized SmilChr02G003232
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向53597857 - 53598726 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010217
GeneID131010217
locus_tag-
NCBI NameLOC131010217
原始查询LOC131010217

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840435]; symbol=AT1G35430; hit=AT1G35430; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840435]; symbol=AT1G35430; hit=AT1G35430; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G35430 (AT1G35430)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840435]
identity=46.9; qcov=0.623; evalue=1.33e-14; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010217

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057793621.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057793621.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057793621.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793621.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793621.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:53598046 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr2:53598094 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B127,B23
Chr2:53598135 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B115,B17,B59,C45
Chr2:53598157 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B27,C25
Chr2:53598164 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B115,B17,B59,C45
Chr2:53598172 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr2:53598219 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,C58
Chr2:53598262 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr2:53598305 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B115,B17,B59,C45
Chr2:53598335 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937638.1
TATCTTTTCCATTTCCATCACACCTCAACTAAAAGTGTAATACGGAATAAGAAATTGCGGTGTCATTCACTTTTCCAAGAATATTTGATCATCAAAAACTCCCAATTCACTCTTTTCATTATTATGATTTTCTTGGTTAAAAAAGCTCCCCAACCTCTCTCTTTCTCTCTTTACTGCATCAAATTCTCCCTCAGTCGACACGTTAGCTTACCGGCAAGCAACAAAATAAACACCTAAAAAAAATTGAAGGTAAAAAAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010217
ATGTGGGACTGGCTGCATTCGTGGTGCTGTTCCCTTCCAACAACACGCCAAAAACCGCCCAATCAGAGCCCGCTCCTCACCGCCACCGAGAAAAACGACGCCGCACCGCCCCCCAACTGCATCTCCTTCTCCGCCGCCGCCGCCGAGATGCTGACTTCCTGGCTGAATCGCCGCCGTCGGAGGTACCTCCTCCTGATCCTTTGCAGCCCCTTCCTCGTGCCCCTGCTGTGCGCCGCGTGCCCCATCATCTGTGCCGTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793621.1
MWDWLHSWCCSLPTTRQKPPNQSPLLTATEKNDAAPPPNCISFSAAAAEMLTSWLNRRRRRYLLLILCSPFLVPLLCAACPIICAVELCFLMSRRRRKAAAGDPSGSGDEVGLLQRYLEDQLTLVVGEPDETDGLGGEGGVDVECFDSARAVFE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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