当前解析结果
SmilChr02G003313| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003313 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003313 |
| 描述 | ethylene-responsive transcription factor ERF021 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 54390763 - 54392598 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131010292 |
|---|---|
| GeneID | 131010292 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010292 |
| 原始查询 | LOC131010292 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ethylene-responsive transcription factor ERF021 |
| 产物 | ethylene-responsive transcription factor ERF021 |
| Arabidopsis | AT1G71450 (AT1G71450)Integrase-type DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843486] identity=46; qcov=1.01; evalue=2.08e-50; confidence=medium |
| Rice | Os11g0242300 (OsERF#019)- identity=42.4; qcov=1.03; evalue=1.05e-30; confidence=medium |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00847 (AP2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010292 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057793726.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057793726.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057793726.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057793726.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057793726.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:54391879 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B82,C1 |
Chr2:54391994 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B10,B4,B57,C49 |
Chr2:54392139 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:54392242 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 17 | A11,A21,A24,B120,B122,B139,B51,B59,B64,B85,C17,C26,C60,C65,C87,D3,D9 |
Chr2:54392257 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 18 | A11,A21,A24,B120,B122,B139,B51,B59,B64,B85,C17,C26,C27,C29,C60,C87,D3,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793726.1PF00847
AP2 15-64 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793726.1 |
Pfam | PF00847 |
AP2 | Domain | 15 | 64 | 1.5e-13 | 51.5 | AP2 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。