当前解析结果
SmilChr02G003318| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003318 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003318 |
| 描述 | protein FATTY ACID EXPORT 2, chloroplastic-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 54453435 - 54454414 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131010298 |
|---|---|
| GeneID | 131010298 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010298 |
| 原始查询 | LOC131010298 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein FATTY ACID EXPORT 2, chloroplastic-like |
| 产物 | protein FATTY ACID EXPORT 2%2C chloroplastic-like |
| Arabidopsis | AT3G43520 (AT3G43520)Transmembrane proteins 14C [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823438] identity=63.6; qcov=0.482; evalue=7.96e-48; confidence=medium |
| Rice | Os04g0653100- identity=72.2; qcov=0.441; evalue=4.64e-38; confidence=low |
| GO | GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03647 (Tmemb_14) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010298 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057793737.1 |
| 2 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 1.00000 | XP_057793737.1 |
| 3 | Chloroplast thylakoid | 类囊体 | 0.20000 | XP_057793737.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057793737.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057793737.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:54453700 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C74 |
Chr2:54453836 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C13 |
Chr2:54453905 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A6,B66,C28,D10 |
Chr2:54454002 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B18,C27,C61,C70 |
Chr2:54454205 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B89,B94,C1,C85,D5 |
Chr2:54454210 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:54454289 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B106,B73 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793737.1PF03647
Tmemb_14 146-236 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793737.1 |
Pfam | PF03647 |
Tmemb_14 | Family | 146 | 236 | 3.6e-19 | 69.9 | Transmembrane proteins 14C |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。