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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003389

染色体: Chr02 坐标: 55011354-55015258 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003389
名称SmilChr02G003389
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g36180
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向55011354 - 55015258 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010307
GeneID131010307
locus_tag-
NCBI NameLOC131010307
原始查询LOC131010307

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g36180
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g36180
ArabidopsisAT4G36180 (AT4G36180)
Leucine-rich receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829775]
identity=59.9; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0576900 (XIAO)
-
identity=63; qcov=0.55; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0009755 (hormone-mediated signaling pathway)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010307

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057793746.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793746.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793746.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793746.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793746.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:55011672 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr2:55011777 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B64,C34
Chr2:55012515 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A22,B14,B23
Chr2:55012800 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:55012820 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,C45,C8
Chr2:55012880 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B64,C34
Chr2:55013005 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B127,C36,C54,C74
Chr2:55013082 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C18
Chr2:55013087 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr2:55013142 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B82,C1,C41,C8
Chr2:55013493 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr2:55013630 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B41,B42,B43,B65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793746.1
1130 aa
N
1
565
1130
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_6
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 27-67 aa PF00560 LRR_1 94-116 aa PF00560 LRR_1 167-185 aa PF00560 LRR_1 189-211 aa PF00560 LRR_1 316-336 aa PF00560 LRR_1 340-361 aa PF00560 LRR_1 363-385 aa PF23598 LRR_14 381-490 aa PF00560 LRR_1 388-408 aa PF13855 LRR_8 410-470 aa PF00560 LRR_1 411-433 aa PF00560 LRR_1 435-457 aa PF00560 LRR_1 484-505 aa PF13855 LRR_8 507-565 aa PF00560 LRR_1 555-575 aa PF00560 LRR_1 580-601 aa PF13855 LRR_8 603-662 aa PF00560 LRR_1 627-649 aa PF00560 LRR_1 651-673 aa PF13855 LRR_8 667-709 aa PF13516 LRR_6 673-688 aa PF00560 LRR_1 675-695 aa PF00560 LRR_1 700-719 aa PF00069 Pkinase 835-1066 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 839-1055 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793746.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 27 67 4.8e-12 46.7 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057793746.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 94 116 6.6e-71 219.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793746.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 167 185 6.6e-71 219.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793746.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 189 211 6.6e-71 219.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793746.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 316 336 6.6e-71 219.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793746.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 340 361 6.6e-71 219.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793746.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 363 385 6.6e-71 219.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793746.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 381 490 3.7e-43 148.3 Leucine-rich repeat region
XP_057793746.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 388 408 6.6e-71 219.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793746.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 410 470 1e-67 224.5 Leucine rich repeat
XP_057793746.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 411 433 6.6e-71 219.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793746.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 435 457 6.6e-71 219.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793746.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 484 505 6.6e-71 219.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793746.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 507 565 1e-67 224.5 Leucine rich repeat
XP_057793746.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 555 575 6.6e-71 219.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793746.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 580 601 6.6e-71 219.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793746.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 603 662 1e-67 224.5 Leucine rich repeat
XP_057793746.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 627 649 6.6e-71 219.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793746.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 651 673 6.6e-71 219.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793746.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 667 709 1e-67 224.5 Leucine rich repeat
XP_057793746.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 673 688 7.2e-07 29.5 Leucine Rich repeat
XP_057793746.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 675 695 6.6e-71 219.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793746.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 700 719 6.6e-71 219.5 Leucine Rich Repeat
XP_057793746.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 835 1066 1.8e-34 120.1 Protein kinase domain
XP_057793746.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 839 1055 3.2e-33 115.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937763.1
TCTCACTCCTTTTCTCCTTAATTTTGAATGCCCTTTTTCGGCGTAGACTGAACTCACTCAAGAGGGGGAAACAACAAAACACCTAATAAATATACACACAAAACTCTCTCTCTTCTCTTCCTCTCTCCCCCTCACTGGCAGTAGCCGCAGCCCTCAACCATATGGCGTTTCAGCTGCTCCTGCTAATACACTCCTGAAATCTCACCTCCCCTCCCCTCCCCTCCACTTCGTAACCATCGTCAATGTCTACGGCTAGTACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010307
ATGTCTACGGCTAGTACTACACTCCTCGCCGTGGCGCTTTGCGCCTTCCTAACGGCTACCTTAACATGCGCCGGCCTCGACTCCGAGATCGAAGCGTTACTCTCCTTCAAGCAGAATCTCCATGACCCACGTGGCGCATTGGGCGGCTGGGATGCCTCCACGACGGCCGCCCCCTGCGATTGGCGTGGCATTCGATGCTCTGCCGGCAGCGTCGTCGAGCTTCGCCTGCCGCGCCTCCAGCTCAGCGGCCGCCTCACTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793746.1
MSTASTTLLAVALCAFLTATLTCAGLDSEIEALLSFKQNLHDPRGALGGWDASTTAAPCDWRGIRCSAGSVVELRLPRLQLSGRLTDHLANLAQLQRLSLHSNNLNGSIPRTLSQCSLLRAVYLQDNSLSGDIPPAFFSNLTDLGVLNLSHNLISGEISGDIPPAMRVLDLSSNSFSGRIPANFSAAHQLQLINLSYNRFSGQIPAAIGALQKLQYLWIDANNVYGTIPSALSNCSSLIHISAGDNMLSGVVPATIGSLQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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