Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003338

染色体: Chr02 坐标: 54605565-54608787 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003338
名称SmilChr02G003338
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71420
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向54605565 - 54608787 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010320
GeneID131010320
locus_tag-
NCBI NameLOC131010320
原始查询LOC131010320

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71420
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71420
ArabidopsisAT1G71420 (AT1G71420)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843483]
identity=50.8; qcov=0.978; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0251500
-
identity=35.2; qcov=0.963; evalue=2.82e-128; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010320

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057793767.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793767.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793767.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793767.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793767.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:54606512 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B31,B72,C22
Chr2:54606535 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B104
Chr2:54606679 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr2:54606893 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B5
Chr2:54607166 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A25,B101,B115,B78,C45
Chr2:54607246 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B136,C32,C68
Chr2:54607288 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr2:54607313 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B118
Chr2:54607533 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:54607534 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B136,C2,C32,C68,D10
Chr2:54607540 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B49
Chr2:54607695 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793767.1
681 aa
N
1
340
681
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 40-67 aa PF13041 PPR_2 66-111 aa PF01535 PPR 68-95 aa PF01535 PPR 167-194 aa PF01535 PPR 349-375 aa PF13041 PPR_2 374-419 aa PF01535 PPR 377-402 aa PF01535 PPR 412-437 aa PF01535 PPR 447-470 aa PF20431 E_motif 489-551 aa PF14432 DYW_deaminase 587-681 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793767.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 40 67 1.7e-43 144.5 PPR repeat
XP_057793767.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 66 111 4.1e-50 168.4 PPR repeat family
XP_057793767.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 68 95 1.7e-43 144.5 PPR repeat
XP_057793767.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 167 194 1.7e-43 144.5 PPR repeat
XP_057793767.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 349 375 1.7e-43 144.5 PPR repeat
XP_057793767.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 374 419 4.1e-50 168.4 PPR repeat family
XP_057793767.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 377 402 1.7e-43 144.5 PPR repeat
XP_057793767.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 412 437 1.7e-43 144.5 PPR repeat
XP_057793767.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 447 470 1.7e-43 144.5 PPR repeat
XP_057793767.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 489 551 7e-16 58.9 E motif
XP_057793767.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 587 681 1.4e-36 124.9 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937784.1
AAATGACGTATATATTCAACTACGTTGTTTAATTCGTCCACGGTTTAAATTATAGTATACATTTTTACGTTTACCTTAGCATTAATTTGAAGATAATTGATAATATTATAAAAAATTAAAATAATTGAAAATTGATATATTATGAGGCATAATTTTTTGTTCACGTTCAAAATCAAAATTCGATGAAAGTAGGTGTATGCATGCGCAATTGCTCTGAAAAAAGCTGCATTTTGTGAGCTATGAATATTGCTCTAAAATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010320
ATGAATATTGCTCTAAAATCAGTAGCTCCAAAAAATTGTTACACGACCAGCCAAGCAATTCGGCGCTACATGCAGCCGCATACTATCTCCCAGCCGCCGCCGGACCTCGTCGCCGCCAACAATGCCATCAACGCACATGCTAAGCGCGGCGACTTACATGTTGCCCACCAGCTGTTCGCTGAAATGCCTCACAGAAATATATATTCTTGGACGATACTCATCTCTGGCTACGCACAGCGCGGCAAAATGGAGCACTGCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793767.1
MNIALKSVAPKNCYTTSQAIRRYMQPHTISQPPPDLVAANNAINAHAKRGDLHVAHQLFAEMPHRNIYSWTILISGYAQRGKMEHCFRLFSQMLSHHRPNEFAYASLLSVCDHCHGLQVHGLAFKTGFDAWIYVANALIALYWKNIRCSAGVEAWRVFEGMNFRNLVTYNSMIKGLGMHHRGHEAMVLFVRMLCDDGLEFDRTTLLTLISSLSVGSENAMGLKCCLQLQSASIKTALNLDVGVATSLIKCYSTLSGDVGA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器