Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003375`

染色体: Chr02 坐标: 54887308-54889579 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003375`
名称	SmilChr02G003375
描述	uncharacterized SmilChr02G003375
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	54887308 - 54889579 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010324`
GeneID	`131010324`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010324`
原始查询	`LOC131010324`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	oxidoreductases, acting on NADH or NADPH [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843863]; symbol=AT1G75260; hit=AT1G75260; species=arabidopsis; confidence=low
产物	oxidoreductases, acting on NADH or NADPH [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843863]; symbol=AT1G75260; hit=AT1G75260; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G75260` (AT1G75260) oxidoreductases, acting on NADH or NADPH [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843863] identity=43.3; qcov=0.337; evalue=2.42e-41; confidence=low
Rice	`Os01g0106600` - identity=30.4; qcov=0.218; evalue=5.44e-06; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010324

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057793780.1`
2	Cytoskeleton	细胞骨架	0.80000	`XP_057793780.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057793780.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057793780.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793780.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:54887440`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B20,B21
`Chr2:54887458`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B89,C1,C85
`Chr2:54887464`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B72
`Chr2:54887651`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A7
`Chr2:54887712`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	8	A1,A13,A7,B117,B8,C27,C3,C53
`Chr2:54887745`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B139,B4,B73,B97,C4
`Chr2:54887746`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B20,B21
`Chr2:54887767`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A7
`Chr2:54887814`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B20,B21
`Chr2:54887824`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B115,C45
`Chr2:54887939`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B40,C83
`Chr2:54888008`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B1,B82,C1,C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937797.1
TTGTTCAAATTAAATTTGCTTAAGCACAAAACTAATTTGAAGAGTCTTTTTTAGAGCACAACAAAGAATAGATACCAAGTTTGTGGTGTAAGAAAGGGCAAAACTATGGAAGGATGAAATTTGGACATAAATTCTAAACTTGGTCCACACATAGTCATGATTTTGGACAAGTAACATTGATTCTTTAGAAGGGCAAGAAATCATCTGCACCAAATTTTGCATCAGAAAAAGTTATAAGTTATCTGATTATCAAACTTTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010324
ATGGCAGATCGAAGGTCATTATTCTCTCGATTTTGGCCTCCGTCGGCTTCACGCCGCACACCCACCACCCAAACTACTGCTGCACCACCACCAGCAACCACTACTAAACCCAAACCTCAATCCCAATCTAGTAGCCAGACCAGCTCCACCTCATCACCACCACCACCTCGAGCAGAAACCAAGACTCCGGTCATGCAGTCGACCACCAAAGGCAGCAGCCCTCCCGCCCCCTCCCCCGCCACTCCACCTAGAGCAGAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793780.1
MADRRSLFSRFWPPSASRRTPTTQTTAAPPPATTTKPKPQSQSSSQTSSTSSPPPPRAETKTPVMQSTTKGSSPPAPSPATPPRAEPRKASPEPSKSPAGKLQTKDEPETSSPSRSTMRSPSSSKPASPSRLSAQSRSPHQPPSSPQPRSSLQSPSRVISLTPSTPKRASKSHSPSRVTSRSPKQQVSSSSPPKGKQPASPSKDSTQPTEKISTSYEAPILASKENDPKPAASQQEAEVKEEVKPDSAVAANGQTQQGTS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器