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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000331

染色体: Chr01 坐标: 6759336-6760391 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000331
名称SmilChr01G000331
描述uncharacterized SmilChr01G000331
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向6759336 - 6760391 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010325
GeneID131010325
locus_tag-
NCBI NameLOC131010325
原始查询LOC131010325

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010325

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057793820.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057793820.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057793820.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793820.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793820.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:6759418 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B22,B54,B83,D8
Chr1:6759419 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,C48
Chr1:6759420 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C35,C77,D1
Chr1:6759429 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B57,D6
Chr1:6759449 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B99,C41,C62,C87
Chr1:6759466 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr1:6759472 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B75,C4,C5,C66
Chr1:6759495 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C64,C66,C71
Chr1:6759506 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 33 A16,A19,A23,A6,B135,B140,B23,B26,B29,B34,B38,B44,B5,B63,B77,B8,B83,B95,C1,C19,C2,C23,C24,C25,C35,C37,C40,C50,C55,C68,C7,C79,D3
Chr1:6759507 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:6759509 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,C30
Chr1:6759516 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937837.1
ATGCTGGCCAAAGTGAATGCGAATTTGCCCCTCCTTGATGTGATCAGAAATGTCCCGGCGTATGTTAAGTTTTTCAAAGAGTTGGCTTCTAACAAGAGGAAATTCAGTGACAATGAGAAGGTTCTGGTCTTAGAAGTTGCAAACTCTATCATGCAGCAGCCCTTGCCACCAAAGCACCGCGATTCAGGTAGCTTTGTGATTAATATTGATTTAGGGGATGGTAAGGAAGCCTCTAGTATGTTAGATTTGGGTCTAGCCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010325
ATGCTGGCCAAAGTGAATGCGAATTTGCCCCTCCTTGATGTGATCAGAAATGTCCCGGCGTATGTTAAGTTTTTCAAAGAGTTGGCTTCTAACAAGAGGAAATTCAGTGACAATGAGAAGGTTCTGGTCTTAGAAGTTGCAAACTCTATCATGCAGCAGCCCTTGCCACCAAAGCACCGCGATTCAGGTAGCTTTGTGATTAATATTGATTTAGGGGATGGTAAGGAAGCCTCTAGTATGTTAGATTTGGGTCTAGCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793820.1
MLAKVNANLPLLDVIRNVPAYVKFFKELASNKRKFSDNEKVLVLEVANSIMQQPLPPKHRDSGSFVINIDLGDGKEASSMLDLGLADRSIRYPRGIVEDVLVSVGGLIVPVDFVVLEIGEVHENGIEHTLLLGRPFMATTNTLIDVKDGTIKMTVLGKSMSFSVHDAIDGLVETVFVQEQECVEVFAGSADMEELAREAEEMEQATLPLDEPVGSKKPELELKKLPANLKDVFLEEEKEKPVIISTAPSKEQEDALLREV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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