Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003365`

染色体: Chr02 坐标: 54766824-54774209 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003365`
名称	SmilChr02G003365
描述	zinc finger CCCH domain-containing protein 6
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	54766824 - 54774209 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010336`
GeneID	`131010336`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010336`
原始查询	`LOC131010336`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc finger CCCH domain-containing protein 6
产物	zinc finger CCCH domain-containing protein 6
Arabidopsis	`AT1G19860` (AT1G19860) Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838574] identity=45.2; qcov=0.531; evalue=2.39e-60; confidence=medium
Rice	`Os04g0663200` (OsC3H30) - identity=33.9; qcov=0.92; evalue=3.6e-53; confidence=low
GO	GO:0046872 (metal ion binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010336

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057793795.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793795.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793795.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057793795.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057793795.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:54767192`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr2:54767306`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30
`Chr2:54767369`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr2:54767617`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr2:54767708`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B98
`Chr2:54767709`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C71
`Chr2:54767723`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:54767736`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr2:54767765`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:54767774`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C86
`Chr2:54767890`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B69
`Chr2:54767890`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937812.1
TATTGGCCTTAGCAGATAAGATTCAAAATGATGGTTCCACCACGCGCTTCAGTAGAGCGTTACACCAAAACAGACCGCAGCGCTGCATAAAATGCACAGCTAAATCTTTTCTAGTCTGGAATAGTAATTAGTAATCCAAAAACTAAAAATGAAAAATCGGAGGAGGATCTAGGGTTCCAATCTAGGGTTTTCTTGGACTTATCCTCACTCTCCCTCCCTCATTTCTGTTTTCCTTTTTATTTTTCTCCCTCTTATCAGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010336
ATGGGAGGATCGCAGAAATCAAAAAGTGTTTCATGGGCTTCCGAAGTTAATCTATGTCAGGTAAGGCTGTTTTTGTCGGAAGAATCTCCTTCACAGGTTGGAATGGGAACCCAAGAACATCTCCAGGCAAAGACATGGCCGTTGCAGGCAGGTGGCATGGGGTCTGAAGACAACTTGCCCCCGGGCTTTGAGTTAAGCCAACCTGCAAATCCTTGGGCAGCGAAGCTATCTCATATATCTCTAGTGAAATGGAAATGTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793795.1
MGGSQKSKSVSWASEVNLCQVRLFLSEESPSQVGMGTQEHLQAKTWPLQAGGMGSEDNLPPGFELSQPANPWAAKLSHISLVKWKCPPRIEVDSSWRVVAGEESREIETQNQREMRVLEAIYPRPSAIPLNPSALVGAEDSTNNDQCTPVVPITPIEDEDASVDTSYASMGSNITPMIPQQQHSPHGAFLSQVNAALKPTVGFSVTGMEPDIIAAAQAALSSVMSNSDQGNLIDRELLMKILSDRKMIEQLIANHAASAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器