Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003329`

染色体: Chr02 坐标: 54549876-54552873 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003329`
名称	SmilChr02G003329
描述	uncharacterized SmilChr02G003329
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	54549876 - 54552873 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010359`
GeneID	`131010359`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010359`
原始查询	`LOC131010359`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826599]; symbol=AT4G10080; hit=AT4G10080; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826599]; symbol=AT4G10080; hit=AT4G10080; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT4G10080` (AT4G10080) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826599] identity=36.1; qcov=1.06; evalue=2.17e-40; confidence=medium
Rice	`Os02g0558500` - identity=44; qcov=0.488; evalue=2.18e-32; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF20705 (DUF6821)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010359

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.60000	`XP_057793835.1`
2	Nucleus membrane	核膜	0.40000	`XP_057793835.1`
3	Chloroplast	叶绿体	0.40000	`XP_057793835.1`
4	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057793835.1`
5	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.20000	`XP_057793835.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:54550236`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B36,B76,B82,B91
`Chr2:54550236`	`T`	`TG`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B36,B76,B82,B91
`Chr2:54550240`	`ACC`	`*`	2bp_deletion	CDS_variant	4	B36,B76,B82,B91
`Chr2:54550444`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A2,B113,B83,C15,D4
`Chr2:54550484`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B70
`Chr2:54550495`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	32	A14,A16,A6,B108,B113,B132,B15,B2,B20,B31,B39,B4,B44,B50,B51,B70,B8,B83,B91,B94,B95,C15,C2,C26,C4,C58,C61,C66,C81,C83,C87,D4
`Chr2:54550498`	`A`	`AAG`	2bp_insertion	frameshift_variant	32	A14,A16,A6,B108,B113,B132,B15,B2,B20,B31,B39,B4,B44,B50,B51,B70,B8,B83,B91,B94,B95,C15,C2,C26,C4,C58,C61,C66,C81,C83,C87,D4
`Chr2:54550511`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr2:54550554`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr2:54550596`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr2:54550626`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	73	A11,A14,A18,A19,A2,A20,A21,A25,A6,B108,B113,B118,B121,B122,B125,B128,B132,B15,B19,B2,B20,B21,B22,B31,B36,B38,B39,B4,B44,B45,B48,B49,B50,B54,B63,B69,B70,B71,B76,B79,B8,B82,B83,B88,B89,B91,B93,B94,B95,C15,C18,C19,C2,C23,C24,C25,C26,C32,C4,C55,C58,C61,C62,C64,C66,C68,C71,C80,C81,C83,C87,D3,D9
`Chr2:54550671`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B132

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793835.1

322 aa

161

322

DUF6821

PF20705 DUF6821 226-305 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793835.1`	Pfam	`PF20705`	DUF6821	Family	226	305	9.1e-12	45.9	Family of unknown function (DUF6821)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937852.1
GCTGTAAGTCTGAATATTTTCACAAAATTAGGTAGGGTGCAATTAAGCCTATGTGGGGATAAACTTAATAATATCTGGTTTGGATTTATTCCAATCTCTCCCAACAATTAAAGAAACTTCTCTCACTCTCTCCACTCTCCTCCTCTGTGTTTCATTAATATCCTTCTCCTCTCTCTCTCCTCCAAAATTTGATTCCACTCAGCAGCAATGGATATCGTAGAGGCCACAAATGAATTTCAAGATTGGGAGCTTCTCCAAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010359
ATGGATATCGTAGAGGCCACAAATGAATTTCAAGATTGGGAGCTTCTCCAAACCAACTCGGACACCGAGTCGGCGCCGGTGACCTCCGCCGATTCCGGCGCCTCGTTCCACGATATTGATTCCTGCGCCTTAATTCAGGCCAATTATTTCTCATCGGACCCTCTCGATCGTTGCGATGAGCTTGTAGATGATGGTAAATCGGTTGGCTCCGATAACCCGGGCTGGATTGATCCCGGGTTGGGGGAGGACCTGTCCCACCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793835.1
MDIVEATNEFQDWELLQTNSDTESAPVTSADSGASFHDIDSCALIQANYFSSDPLDRCDELVDDGKSVGSDNPGWIDPGLGEDLSHRPNEEPCEFSPDSSSERSEDQKFSELEGVNELGFRENEENDAKSEVIEEKGDDSEDLVNYCMDSIGTDGDSAEISDLVEGSQVGVEGDVILHAESQVLGEEMNENEGIESGGEVVDGGRAGVKNGGGELEKSGVVWWKMPMEFLKYCMMRMSPVWTVSVAAAFMGFVILGRRLY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器