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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003398

染色体: Chr02 坐标: 55120361-55122165 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003398
名称SmilChr02G003398
描述protein EXPRESSION OF TERPENOIDS 1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向55120361 - 55122165 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010362
GeneID131010362
locus_tag-
NCBI NameLOC131010362
原始查询LOC131010362

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein EXPRESSION OF TERPENOIDS 1-like
产物protein EXPRESSION OF TERPENOIDS 1-like
ArabidopsisAT1G75520 (SRS5)
SHI-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843888]
identity=42.3; qcov=1.21; evalue=8.43e-76; confidence=medium
RiceOs06g0712600
-
identity=44; qcov=0.845; evalue=4.99e-48; confidence=medium
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF05142 (DUF702)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010362

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793839.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793839.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793839.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793839.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057793839.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:55121126 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,C50
Chr2:55121163 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B17,B40,B41
Chr2:55121205 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B140,B55
Chr2:55121226 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:55121298 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B14,B23,B37,D3
Chr2:55121411 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr2:55121731 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:55121882 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B53,B68,B71,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793839.1
296 aa
N
1
148
296
DUF702
C
PF05142 DUF702 89-231 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793839.1 Pfam PF05142 DUF702 Family 89 231 3.8e-57 193.8 Domain of unknown function (DUF702)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937856.1
GGCGTGGCAGGATTTACTGTTCAAAAACGCAGTCCCACTTCCCACTACTCTACAAATTGTAAGAGAGAGAAAGAGAGGGTACTATGGTTATGTCTTAAATTGAGGTTGCAGAGGGGTGCTTGCAGGGGCTGATGGCGGCGTTTGCAGGGCTGTGACTTTAATGCATCCACATCAAAATCTAAGACAAACGAATTCAATTCAACTCATAACAAACAACTATCTAGAGAGAGAGAGAGCGAATCCTCGCCTTCTATCTCCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010362
ATGTCTGGGTTTTTCTCACTAGGCGGCAAAGAGCAGCAGCAACAAGATCCGGAAACGGACACCAATAATAGCCTGTTCGTGTTCAAGAACCAAGAGATCTATAACAAGGGTTTCGAGCTATGGCAGCAGTACTATCAACTCCACCACCAACGCCTCCAGCACGATGTCAAGGATACTACTACTGCTGCTGCTGATGAAAGCTCCACCTACAGATCAGCATCATCAGGGCTGAGAGAGATGCGCCAGGGCAGAAGCGGAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793839.1
MSGFFSLGGKEQQQQDPETDTNNSLFVFKNQEIYNKGFELWQQYYQLHHQRLQHDVKDTTTAAADESSTYRSASSGLREMRQGRSGAEGINCQDCGNQAKKDCVHLRCRTCCKSRGFDCQTHVKSTWVPAAKRRERLHHQLALGGGDNPKRIREINHGAASASTLACTTSRLPSSTSGFELGHFPAEVNSPAVFRCVRVSAVDDAEEHFAYQTALNIGGHVFKGILYDQGCYGGGESSSGSQQQQPLDLIAAAAASSSAV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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