Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003327`

染色体: Chr02 坐标: 54526216-54528126 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003327`
名称	SmilChr02G003327
描述	protein PARTING DANCERS
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	54526216 - 54528126 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010367`
GeneID	`131010367`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010367`
原始查询	`LOC131010367`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein PARTING DANCERS
产物	protein PARTING DANCERS
Arabidopsis	`AT1G12790` (AT1G12790) DNA ligase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837835] identity=62.3; qcov=0.984; evalue=1.71e-108; confidence=high
Rice	`Os05g0588200` (PTD) - identity=64.3; qcov=0.922; evalue=1.98e-108; confidence=high
GO	GO:0000712 (resolution of meiotic recombination intermediates)
KEGG	-
Pfam	PF12826 (HHH_2); PF14520 (HHH_5)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010367

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057793847.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793847.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793847.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057793847.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057793847.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:54526308`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	C2,C32,C68
`Chr2:54526308`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	3	C2,C32,C68
`Chr2:54527084`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B117,B72,C29,C79
`Chr2:54527450`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C24,C73,D10
`Chr2:54527688`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,B134,B77
`Chr2:54527735`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B130,B136,B139

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793847.1

243 aa

122

243

HHH_5

HHH_2

PF14520 HHH_5 180-233 aa PF12826 HHH_2 183-235 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793847.1`	Pfam	`PF14520`	HHH_5	Domain	180	233	7.6e-09	36.6	SAM-like Helix-hairpin-helix tandem
`XP_057793847.1`	Pfam	`PF12826`	HHH_2	Motif	183	235	1.8e-06	28.7	Helix-hairpin-helix motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937864.1
CTTATTCCCGCCAAATGTGTGTATAAATAGCGCAATTTTGATCGCTGATTACATCTTCTCTGCTTCGTCGAATGCCAGTCTGCCGTAATAATGAATCCTGCACCAGATTACAGAGAATCAACACCTTCGAAACTATCAAATTACGGTAATGGTGTTTGTATCATGAGCACAACATGGAAAGATGAGCAGCATCCATCCTTCATCAGCTTCATCTCTTCCTTCCTCTATGAGAATTCTTTTAGACTGAATTTTGTGTCGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010367
ATGAATCCTGCACCAGATTACAGAGAATCAACACCTTCGAAACTATCAAATTACGGTAATGGTGTTTGTATCATGAGCACAACATGGAAAGATGAGCAGCATCCATCCTTCATCAGCTTCATCTCTTCCTTCCTCTATGAGAATTCTTTTAGACTGAATTTTGTGTCGATCGCTCCAGATTTCATCTTCAACTGTGGAGGCGTCTCCATTGCCTTCGTATTCGCGACCAGCTGGGATTCTGGCCGCACAGAATCCATCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793847.1
MNPAPDYRESTPSKLSNYGNGVCIMSTTWKDEQHPSFISFISSFLYENSFRLNFVSIAPDFIFNCGGVSIAFVFATSWDSGRTESIFSKIQKLKEQFGHFYVVVTLPTKDQNDFFIRSYFKHGMEFGRPTFIPVQDLEMGFEKIVKIAHARGVCKRHDAIAKLRAEREKSVQSMDVYVKVVTSIPGIDSHDAIALNQAIGSIEAIAKASKEHILETTDLSTEKAETITRFFRDPKYYLGIKLK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器