Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003361`

染色体: Chr02 坐标: 54742593-54743716 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003361`
名称	SmilChr02G003361
描述	uncharacterized SmilChr02G003361
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	54742593 - 54743716 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010383`
GeneID	`131010383`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010383`
原始查询	`LOC131010383`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RmlC-like cupins superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826622]; symbol=AT4G10300; hit=AT4G10300; species=arabidopsis; confidence=high
产物	RmlC-like cupins superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826622]; symbol=AT4G10300; hit=AT4G10300; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G10300` (AT4G10300) RmlC-like cupins superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826622] identity=76.4; qcov=0.738; evalue=1.11e-56; confidence=high
Rice	`Os04g0445200` - identity=76.5; qcov=0.658; evalue=3.63e-52; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF05899 (Cupin_3); PF06249 (EutQ)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010383

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057793868.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057793868.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057793868.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793868.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793868.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:54742927`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	20	A19,A9,B114,B137,B23,B26,B49,B50,B53,B55,B60,B71,B79,C23,C34,C45,C75,C86,D1,D10
`Chr2:54742929`	`GCA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	20	A19,A9,B114,B137,B23,B26,B49,B50,B53,B55,B60,B71,B79,C23,C34,C45,C75,C86,D1,D10
`Chr2:54742935`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr2:54743135`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B89,C1,C28,C85
`Chr2:54743138`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102
`Chr2:54743144`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B64,C34
`Chr2:54743447`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	244	A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B29,B3,B30,B31,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C31,C33,C34,C35,C37,C39,C4,C40,C41,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C70,C71,C73,C74,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D10,D11,D3,D4,D5,D6,D7,D9
`Chr2:54743463`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	82	A13,A14,A16,A20,A22,A4,A6,A8,B101,B103,B107,B112,B113,B114,B115,B118,B121,B124,B129,B13,B131,B135,B138,B14,B140,B17,B19,B25,B27,B30,B33,B35,B37,B42,B43,B45,B46,B50,B53,B56,B64,B65,B66,B7,B73,B78,B79,B8,B80,B82,B83,B86,B88,B92,C10,C11,C12,C13,C16,C19,C20,C22,C25,C27,C31,C33,C40,C45,C46,C47,C48,C54,C58,C64,C66,C67,C69,C73,C76,C82,C85,C9
`Chr2:54743558`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B82,C1,C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793868.1

149 aa

149

Cupin_3

EutQ

PF05899 Cupin_3 73-146 aa PF06249 EutQ 89-143 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793868.1`	Pfam	`PF05899`	Cupin_3	Domain	73	146	7.5e-32	109.6	EutQ-like cupin domain
`XP_057793868.1`	Pfam	`PF06249`	EutQ	Domain	89	143	6.1e-05	23.6	Ethanolamine utilisation protein EutQ

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937885.1
AGAATATCAAACTGCCATTCAGGAAAAGATCAGGTTGCAACGATCTGAATAAAATTTTGTTGCAACCTACTTTTTTATCAAAAGAAAAAAAGTTTTGACAGTTTAATATTTGATGATGAACTAGCCTTCATTGTTTAGAGTAATTTGTAGGAATAAAAAAAATTAGATGGAATAGTACAGAAACATAAGTGATAAATGTGGCATGGATGGGAGGCTATGATTAAAGCAGAAAATGTGTGGTGCTTAAGAAAGAAGTAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010383
ATGGCGGCAGCGGCAGCAGCAGCTCTTGCCCATATCCCTAACCGGGGCGGCCCGAAACCCGCAATCCCAGTGTGCTCACATTCACATTCACATATAATAGTAAGTGTTTGGAAAGCAAGGGCTTCTTCTTGTTCATCGCAACTTAAAGTAAGAATGGCAACCGAAACAGAGAAATTGGGGATTAAGATCGTGAAAGAGGCTCCTGAATCCAAACTCTCCGACCTCGGCGTTCGCTCTTGGCCCAAGTGGGGATGCCCTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793868.1
MAAAAAAALAHIPNRGGPKPAIPVCSHSHSHIIVSVWKARASSCSSQLKVRMATETEKLGIKIVKEAPESKLSDLGVRSWPKWGCPPSKFPWTYSAKETCYLLKGKVKVYPDGSEEAVEIGAGDLVVFPKGMSCTWDVSEAVDKHYLFE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器