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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003454

染色体: Chr02 坐标: 55824796-55826600 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003454
名称SmilChr02G003454
描述calcium uniporter protein 4, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向55824796 - 55826600 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010430
GeneID131010430
locus_tag-
NCBI NameLOC131010430
原始查询LOC131010430

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述calcium uniporter protein 4, mitochondrial
产物calcium uniporter protein 4%2C mitochondrial
ArabidopsisAT5G42610 (AT5G42610)
calcium uniporter (DUF607) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834268]
identity=47.1; qcov=0.966; evalue=2.99e-96; confidence=high
RiceOs10g0501500
-
identity=54.5; qcov=0.651; evalue=1.01e-71; confidence=high
GOGO:0005262 (calcium channel activity); GO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0015292 (uniporter activity); GO:0036444 (calcium import into the mitochondrion); GO:0051560 (mitochondrial calcium ion homeostasis); GO:1990246 (uniplex complex)
KEGG-
PfamPF04678 (MCU)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010430

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057793925.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057793925.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057793925.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793925.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793925.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:55824946 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr2:55824952 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr2:55825286 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B49
Chr2:55825286 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B49
Chr2:55826001 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A9,B28,B99,C75,D1
Chr2:55826043 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr2:55826079 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B73,B87,C46,C50
Chr2:55826095 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B84
Chr2:55826095 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr2:55826175 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr2:55826207 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 4 A3,B24,B33,C48
Chr2:55826207 TG T 1bp_deletion CDS_variant 4 A3,B24,B33,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793925.1
327 aa
N
1
164
327
MCU
C
PF04678 MCU 148-306 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793925.1 Pfam PF04678 MCU Family 148 306 2.4e-50 171.8 Mitochondrial calcium uniporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937942.1
CACCACCATTTCACCATCCCAGATTCTCTCTCTACTCCCAAATGGCGCTTCGCAGATCTCTTTCGAAGCGCCTCTTCTCCGACACCACCCCTCAATTTCCATCTCCAATCAGAATGCACTCGCCTTCTCCTCCGCCGTCGCCGGCCCACCGCCACCGCGGATCCGTGTCTCCCAGCTTCTTCCGCCGCTTCCTCCAGCGTCGGGCGTTGAACAACCACTCCGCCCCCAACGCCCTCCCCTCTATTCTATCGCTCCCCGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010430
ATGGCGCTTCGCAGATCTCTTTCGAAGCGCCTCTTCTCCGACACCACCCCTCAATTTCCATCTCCAATCAGAATGCACTCGCCTTCTCCTCCGCCGTCGCCGGCCCACCGCCACCGCGGATCCGTGTCTCCCAGCTTCTTCCGCCGCTTCCTCCAGCGTCGGGCGTTGAACAACCACTCCGCCCCCAACGCCCTCCCCTCTATTCTATCGCTCCCCGTCGGCGATAAGCTGAGGGAGAAGCTCAAGTCGATGAGCATCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793925.1
MALRRSLSKRLFSDTTPQFPSPIRMHSPSPPPSPAHRHRGSVSPSFFRRFLQRRALNNHSAPNALPSILSLPVGDKLREKLKSMSIAGHQLPCLGEDGGLRVSAADAKRVLRFVKLEVVRERLRNIPATTLPYPEFVRICVDACGCTEMGAEFAKTLDHSGNVIVLGAVVFLRPDQVAKSMEALISQSIAMPSDPRRRELGNLEQQKSAIDEKARSLVRAELYCGLGFLALQTLGFMRLTFWELSWDVMEPICFFVTSLH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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