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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003457

染色体: Chr02 坐标: 55863471-55868477 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003457
名称SmilChr02G003457
描述NEDD8-conjugating enzyme Ubc12-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向55863471 - 55868477 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010432
GeneID131010432
locus_tag-
NCBI NameLOC131010432
原始查询LOC131010432

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述NEDD8-conjugating enzyme Ubc12-like
产物NEDD8-conjugating enzyme Ubc12-like
ArabidopsisAT4G36800 (RCE1)
RUB1 conjugating enzyme 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829833]
identity=82.1; qcov=1; evalue=8.94e-117; confidence=high
RiceOs10g0190000 (OsUBC4)
-
identity=78; qcov=0.995; evalue=1.09e-110; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0019788 (NEDD8 transferase activity); GO:0045116 (protein neddylation)
KEGGsmil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00179 (UQ_con)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010432

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793928.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057793928.1
3 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057793928.1
4 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057793928.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793928.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:55867987 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793928.1
187 aa
N
1
94
187
UQ_con
C
PF00179 UQ_con 37-172 aa
XP_057793929.1
187 aa
N
1
94
187
UQ_con
C
PF00179 UQ_con 37-172 aa
XP_057793930.1
183 aa
N
1
92
183
UQ_con
C
PF00179 UQ_con 33-168 aa
XP_057793931.1
183 aa
N
1
92
183
UQ_con
C
PF00179 UQ_con 33-168 aa
XP_057793932.1
183 aa
N
1
92
183
UQ_con
C
PF00179 UQ_con 33-168 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793928.1 Pfam PF00179 UQ_con Domain 37 172 6.2e-41 140.0 Ubiquitin-conjugating enzyme
XP_057793929.1 Pfam PF00179 UQ_con Domain 37 172 6.2e-41 140.0 Ubiquitin-conjugating enzyme
XP_057793930.1 Pfam PF00179 UQ_con Domain 33 168 5.9e-41 140.1 Ubiquitin-conjugating enzyme
XP_057793931.1 Pfam PF00179 UQ_con Domain 33 168 5.9e-41 140.1 Ubiquitin-conjugating enzyme
XP_057793932.1 Pfam PF00179 UQ_con Domain 33 168 5.9e-41 140.1 Ubiquitin-conjugating enzyme

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937945.1
TTTTTTTTGGAGCGCCTTTATATTCCCTGTTTATATATTGCCTTTTTCCTCTCTCTCGGCTTTTGATAAGACTCGCCCTTCCCCTGAAATCTGAAACCCTTAAAACCATATACATCCCTTAATTTTCCTTTCAGGTTTTTCATCAAACAGGTATATTTCCCCCGATTACCTTTAATTGTTCCGTAAAAACCCATCCTTTTTCCGCATATCTGCGTCTATCACGGCTGCGTAGATTTAATCCCCCCATTTAGCTTATAGAC...
XM_057937948.1
CTTTCAGGTTTTTCATCAAACAGGCACCATGATTAGGTTGCTCAAAGTAAAGGAAAAACAGAGAGAACTTGCAGAAAGTGCTAATGGGAAGCCTCCAGTGAAGAAGCAAAGTGCTGGAGAACTACGTCTTCAAAAAGATATCAGTGAACTGAATCTGCCAAAAACCTGTACCATTTCATTCCCTAATGGCAAGGACGAGCTAATGACCTTTGAAGTTACCATTCGGCCAGATGAAGGATATTATCAGAGTGGAACATTTA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131010432
ATGTTAGGCACCATGATTAGGTTGCTCAAAGTAAAGGAAAAACAGAGAGAACTTGCAGAAAGTGCTAATGGGAAGCCTCCAGTGAAGAAGCAAAGTGCTGGAGAACTACGTCTTCAAAAAGATATCAGTGAACTGAATCTGCCAAAAACCTGTACCATTTCATTCCCTAATGGCAAGGACGAGCTAATGACCTTTGAAGTTACCATTCGGCCAGATGAAGGATATTATCAGAGTGGAACATTTATTTTCTCATTTCAAAT...
LOC131010432
ATGTTAGGCACCATGATTAGGTTGCTCAAAGTAAAGGAAAAACAGAGAGAACTTGCAGAAAGTGCTAATGGGAAGCCTCCAGTGAAGAAGCAAAGTGCTGGAGAACTACGTCTTCAAAAAGATATCAGTGAACTGAATCTGCCAAAAACCTGTACCATTTCATTCCCTAATGGCAAGGACGAGCTAATGACCTTTGAAGTTACCATTCGGCCAGATGAAGGATATTATCAGAGTGGAACATTTATTTTCTCATTTCAAAT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057793928.1
MLGTMIRLLKVKEKQRELAESANGKPPVKKQSAGELRLQKDISELNLPKTCTISFPNGKDELMTFEVTIRPDEGYYQSGTFIFSFQISPIYPHEAPKVKCKTKVYHPNIDLDGNVCLNILREDWKPVLNINTIIYGLYHLFTEPNHEDPLNHDAAAVLRDNPKMFESNARRAMAGGYVGQTFFPRCI
XP_057793929.1
MLGTMIRLLKVKEKQRELAESANGKPPVKKQSAGELRLQKDISELNLPKTCTISFPNGKDELMTFEVTIRPDEGYYQSGTFIFSFQISPIYPHEAPKVKCKTKVYHPNIDLDGNVCLNILREDWKPVLNINTIIYGLYHLFTEPNHEDPLNHDAAAVLRDNPKMFESNARRAMAGGYVGQTFFPRCI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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