Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003495`

染色体: Chr02 坐标: 56171950-56177963 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003495`
名称	SmilChr02G003495
描述	nuclear transcription factor Y subunit B-9-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	56171950 - 56177963 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010464`
GeneID	`131010464`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010464`
原始查询	`LOC131010464`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	nuclear transcription factor Y subunit B-9-like
产物	nuclear transcription factor Y subunit B-9-like
Arabidopsis	`AT1G21970` (LEC1) Histone superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838800] identity=53.6; qcov=0.735; evalue=1.6e-40; confidence=medium
Rice	`Os02g0725700` (OsHAP3E) - identity=64.4; qcov=0.529; evalue=1e-36; confidence=medium
GO	GO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0001228 (DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0016602 (CCAAT-binding factor complex); GO:0046982 (protein heterodimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF00808 (CBFD_NFYB_HMF)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010464

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057793979.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793979.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793979.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057793979.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057793979.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:56172286`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,A9,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793979.1

172 aa

172

CBFD_NFYB_HMF

PF00808 CBFD_NFYB_HMF 31-95 aa

XP_057793980.1

170 aa

170

CBFD_NFYB_HMF

PF00808 CBFD_NFYB_HMF 29-93 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793979.1`	Pfam	`PF00808`	CBFD_NFYB_HMF	Domain	31	95	8.2e-21	74.8	Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone
`XP_057793980.1`	Pfam	`PF00808`	CBFD_NFYB_HMF	Domain	29	93	8e-21	74.8	Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937997.1
GTTTTTTCAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGATCATACAATCAAGAAGTAAAACTTGAAGATGGAAAGAGGTGGAAGCTCTAATTCAGGACTACCGAGATCTGAGATGGATGGGCAAGGGCGTTTGAAGCGTGATCCGGATCAATACATGCCCATCGCGACCCTCACGCGCATCATGCGGCGCGTCCTCCCCGACCACGCTAAGGTCGCCGACGACGCCAAGGAGACCATCCAAGAATGCGTCTCCGAATTCATCGCCTTCAT...

XM_057937996.1
GTTTTTTCAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGATCATACAATCAAGAAGTAAAACTTGAAGATGGAAAGAGGTGGAAGCTCTAATTCAGGACTACCGAGATCTGTTGCAGAGATGGATGGGCAAGGGCGTTTGAAGCGTGATCCGGATCAATACATGCCCATCGCGACCCTCACGCGCATCATGCGGCGCGTCCTCCCCGACCACGCTAAGGTCGCCGACGACGCCAAGGAGACCATCCAAGAATGCGTCTCCGAATTCATCGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131010464
ATGGAAAGAGGTGGAAGCTCTAATTCAGGACTACCGAGATCTGAGATGGATGGGCAAGGGCGTTTGAAGCGTGATCCGGATCAATACATGCCCATCGCGACCCTCACGCGCATCATGCGGCGCGTCCTCCCCGACCACGCTAAGGTCGCCGACGACGCCAAGGAGACCATCCAAGAATGCGTCTCCGAATTCATCGCCTTCATCACCACCCAAGCCAATGAGGGCTGCCACCGCGAGTACCGCCGCACCATCACCCCCAA...

LOC131010464
ATGGAAAGAGGTGGAAGCTCTAATTCAGGACTACCGAGATCTGTTGCAGAGATGGATGGGCAAGGGCGTTTGAAGCGTGATCCGGATCAATACATGCCCATCGCGACCCTCACGCGCATCATGCGGCGCGTCCTCCCCGACCACGCTAAGGTCGCCGACGACGCCAAGGAGACCATCCAAGAATGCGTCTCCGAATTCATCGCCTTCATCACCACCCAAGCCAATGAGGGCTGCCACCGCGAGTACCGCCGCACCATCAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057793979.1
MERGGSSNSGLPRSVAEMDGQGRLKRDPDQYMPIATLTRIMRRVLPDHAKVADDAKETIQECVSEFIAFITTQANEGCHREYRRTITPNDVVSAMDALGFRSYVEPLTVFINKHRAQDCYPPRLAIHPPPPPAYVPSPPQQQPPYGGNYLELAQTRDYFMGYRGGEDFDPFN

XP_057793980.1
MERGGSSNSGLPRSEMDGQGRLKRDPDQYMPIATLTRIMRRVLPDHAKVADDAKETIQECVSEFIAFITTQANEGCHREYRRTITPNDVVSAMDALGFRSYVEPLTVFINKHRAQDCYPPRLAIHPPPPPAYVPSPPQQQPPYGGNYLELAQTRDYFMGYRGGEDFDPFN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器