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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003554

染色体: Chr02 坐标: 56717584-56722546 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003554
名称SmilChr02G003554
描述DUF21 domain-containing protein At1g47330-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向56717584 - 56722546 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010521
GeneID131010521
locus_tag-
NCBI NameLOC131010521
原始查询LOC131010521

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DUF21 domain-containing protein At1g47330-like
产物DUF21 domain-containing protein At1g47330-like
ArabidopsisAT1G47330 (AT1G47330)
methyltransferase, putative (DUF21) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841136]
identity=65.9; qcov=1.08; evalue=7.37e-177; confidence=high
RiceOs03g0125800 (OsCBSDUF3)
-
identity=60.5; qcov=1.01; evalue=1.62e-148; confidence=high
GOGO:0010960 (magnesium ion homeostasis); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle)
KEGG-
PfamPF00571 (CBS); PF01595 (CNNM)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010521

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057794060.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057794061.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057794061.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794060.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794060.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:56718695 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C2,C32,C68
Chr2:56718843 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B64,C33
Chr2:56718851 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B64,C33
Chr2:56719441 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794060.1
433 aa
N
1
216
433
CNNM
CBS
C
PF01595 CNNM 18-188 aa PF00571 CBS 276-308 aa
XP_057794061.1
404 aa
N
1
202
404
CNNM
CBS
C
PF01595 CNNM 18-153 aa PF00571 CBS 247-279 aa
XP_057794062.1
378 aa
N
1
189
378
CNNM
CBS
C
PF01595 CNNM 6-133 aa PF00571 CBS 221-253 aa
XP_057794063.1
350 aa
N
1
175
350
CNNM
CBS
C
PF01595 CNNM 15-105 aa PF00571 CBS 193-225 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794060.1 Pfam PF01595 CNNM Domain 18 188 2e-34 119.5 Cyclin M transmembrane N-terminal domain
XP_057794060.1 Pfam PF00571 CBS Domain 276 308 1.2e-10 42.2 CBS domain
XP_057794061.1 Pfam PF01595 CNNM Domain 18 153 1.8e-28 100.1 Cyclin M transmembrane N-terminal domain
XP_057794061.1 Pfam PF00571 CBS Domain 247 279 9.2e-11 42.6 CBS domain
XP_057794062.1 Pfam PF01595 CNNM Domain 6 133 5e-26 92.2 Cyclin M transmembrane N-terminal domain
XP_057794062.1 Pfam PF00571 CBS Domain 221 253 7.6e-11 42.9 CBS domain
XP_057794063.1 Pfam PF01595 CNNM Domain 15 105 2.4e-18 67.2 Cyclin M transmembrane N-terminal domain
XP_057794063.1 Pfam PF00571 CBS Domain 193 225 6.8e-11 43.0 CBS domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938078.1
ATAAGGCAAGAAGCTCAAGAAAACTCTTTGTAGCGAACACATAAGATTCACCACCAAAAGAGGTTGATTCGATTATTCTTGGGCTCCGAGCACCGACCACCAAATGAGTGCAAAATGCTAACTTTTTCGAGAATAAAAAAAAAATCAGGAATATAAAAGTGAAAGCTGAAAGTCGAGTAGGATGCAGACAGGCATATGAGCACGAAGTGCGAGATTTTGTTGACGAGGCCTATTTTTAGGAAGTGCGTGCCGGAAGATAC...
XM_057938077.1
TAAGGCAAGAAGCTCAAGAAAACTCTTTGTAGCGAACACATAAGATTCACCACCAAAAGAGGTTGATTCGATTATTCTTGGGCTCCGAGCACCGACCACCAAATGAGTGCAAAATGCTAACTTTTTCGAGAATAAAAAAAAAATCAGGAATATAAAAGTGAAAGCTGAAAGTCGAGTAGGATGCAGACAGGCATATGAGCACGAAGTGCGAGATTTTGTTGACGAGGCCTATTTTTAGGAAGTGCGTGCCGGAAGATACA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131010521
ATGGCTGATGATGTGCCTTGTTGTGGTACCGAGTTTTTTCTGTTTGTGATGATTATCATAGGGCTGGTGTTGTTTGCTGGGTTGATGGCTGGTCTCACCCTCGGCCTCATGTCTCTTGGCCTTGTGGACCTCGAGGTTATCAGCAAATCAGGCCGCCCTCAAGATCGTAAACATGCCTCTAAAATACTTCCAGTGGTGAAAAATCAACACCTATTGCTTTGCACACTCTTGATTGGCAACTCTTTAGCAATGGAGTCGCT...
LOC131010521
ATGGCTGATGATGTGCCTTGTTGTGGTACCGAGTTTTTTCTGTTTGTGATGATTATCATAGGGCTGGTGTTGTTTGCTGGGTTGATGGCTGGTCTCACCCTCGGCCTCATGTCTCTTGGCCTTGTGGACCTCGAGGTTATCAGCAAATCAGGCCGCCCTCAAGATCGTAAACATGCCTCTAAAATACTTCCAGTGGTGAAAAATCAACACCTATTGCTTTGCACACTCTTGATTGGCAACTCTTTAGCAATGGAGTCGCT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057794060.1
MADDVPCCGTEFFLFVMIIIGLVLFAGLMAGLTLGLMSLGLVDLEVISKSGRPQDRKHASKILPVVKNQHLLLCTLLIGNSLAMESLPIFLDKLVPPWAAILVSVTLILMFGEILPQAICTRYGLTVGATVAPFVHLLLWVFFPIAYPISKILDWMLGKGHAALLRRAELKTFVDFHGNEAGKGGDLTHDETTIIAGALELTAKTAKDAMTSIAKAFSIDLDGTLNLETLNAIMTMGHSRVPVYYKNQNNIIGLILVKNL...
XP_057794061.1
MADDVPCCGTEFFLFVMIIIGLVLFAGLMAGLTLGLMSLGLVDLEVISKSGRPQDRKHASKILPVVKNQHLLLCTLLIGNSLAMESLPIFLDKLVPPWAAILVSVTLILMFGEILPQAICTRYGLTVGATVAPFVHLLLWVFFPIAYPISKAGKGGDLTHDETTIIAGALELTAKTAKDAMTSIAKAFSIDLDGTLNLETLNAIMTMGHSRVPVYYKNQNNIIGLILVKNLLAVDPDDSVPLRKMLIRKIPRVSEDMPLY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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