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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003560

染色体: Chr02 坐标: 56768452-56772083 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003560
名称SmilChr02G003560
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At2g16250
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向56768452 - 56772083 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010526
GeneID131010526
locus_tag-
NCBI NameLOC131010526
原始查询LOC131010526

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At2g16250
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At2g16250
ArabidopsisAT2G16250 (AT2G16250)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816121]
identity=46.9; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0724300
-
identity=42.1; qcov=1.01; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010526

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057794072.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794072.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794072.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794072.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057794072.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:56768762 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr2:56768804 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B129,C77
Chr2:56769047 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr2:56769118 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr2:56769271 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B22,B23,B4,B57
Chr2:56769864 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr2:56769896 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr2:56770026 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,C29,C47
Chr2:56770120 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794072.1
838 aa
N
1
419
838
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 32-67 aa PF00560 LRR_1 127-149 aa PF00560 LRR_1 151-173 aa PF13855 LRR_8 151-210 aa PF00560 LRR_1 175-197 aa PF00560 LRR_1 199-218 aa PF00560 LRR_1 223-245 aa PF13855 LRR_8 223-282 aa PF00560 LRR_1 271-289 aa PF00069 Pkinase 471-739 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 473-741 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794072.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 32 67 6.1e-07 30.3 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057794072.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 127 149 8.2e-21 70.3 Leucine Rich Repeat
XP_057794072.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 151 173 8.2e-21 70.3 Leucine Rich Repeat
XP_057794072.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 151 210 9.1e-22 77.3 Leucine rich repeat
XP_057794072.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 175 197 8.2e-21 70.3 Leucine Rich Repeat
XP_057794072.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 199 218 8.2e-21 70.3 Leucine Rich Repeat
XP_057794072.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 223 245 8.2e-21 70.3 Leucine Rich Repeat
XP_057794072.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 223 282 9.1e-22 77.3 Leucine rich repeat
XP_057794072.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 271 289 8.2e-21 70.3 Leucine Rich Repeat
XP_057794072.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 471 739 2.7e-17 63.7 Protein kinase domain
XP_057794072.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 473 741 2.6e-19 70.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938089.1
AGCGGTGTGCTGACGATTCCAGCTGAGTTTGTATACAAAATCAAGTACGGAACAAATTTGGTGTATTTTATAACTAATGAAATTATTTGGTAAAAGACATACTCATATTTTCCGCACGATTTATTTATAGGTTCCTTCCTTCCACCTCTTATCTAATTTAGCAGGAAGCTGCTCAGCACCACTCATCGCCGCCCGCCGCCACAACCTTCCGGCACTAAAAAAAAGCAGTCCGATCAAGCAAGCTGCTCGCTTCACCGCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010526
ATGGCACCACATCTCAAGCTTCCGCTATTACTGCTACCACTAGCCCTGCTGCTCAGCTCGGCGGCGGCTCAGTCCCCTCCACGGCTGACCTCCCCCACCGAGCGCCGGGCATTGCTCGATCTCCGCTCCTCGCTCGGAATCTCAGCTAAGAACTGGCATAAGAAGACCAATCCCTGTCTGAATTGGACGGGAATTGAGTGCCGAAACGGTCGCGTAACCGCGATTAAACTATCCGGTTTGAGGAGAAGTAACCAAGGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794072.1
MAPHLKLPLLLLPLALLLSSAAAQSPPRLTSPTERRALLDLRSSLGISAKNWHKKTNPCLNWTGIECRNGRVTAIKLSGLRRSNQGKKNPRFAVDSLQNFPFLSTLNSSGFLLPGQIPDWLGTKLSNLESLDLSSSSITGPIPLSLGSLSSLTWLNLSNNSITGNMPIALQKLQSLSVLDLSQNSLTGQIPEEISSLRNLTNLDLSSNYLSGAIPLDFVLLSKLKQLNLSRNSLSSSIPSQIANLSEMEQLDLGFNYLSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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