当前解析结果
SmilChr02G003565| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003565 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003565 |
| 描述 | sugar transporter ERD6-like 6 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 56821444 - 56826417 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131010530 |
|---|---|
| GeneID | 131010530 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010530 |
| 原始查询 | LOC131010530 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | sugar transporter ERD6-like 6 |
| 产物 | sugar transporter ERD6-like 6 |
| Arabidopsis | AT1G75220 (ERDL6)Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843859] identity=80.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os05g0579000- identity=70.5; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0008643 (carbohydrate transport); GO:0016020 (membrane); GO:0051119 (sugar transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010530 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 1.00000 | XP_057794074.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.80000 | XP_057794074.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057794074.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057794074.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057794074.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:56823305 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B40,C77 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794074.1PF00083
Sugar_tr 52-486 aa
PF07690
MFS_1 64-435 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794074.1 |
Pfam | PF00083 |
Sugar_tr | Family | 52 | 486 | 6.5e-103 | 345.7 | Sugar (and other) transporter |
XP_057794074.1 |
Pfam | PF07690 |
MFS_1 | Family | 64 | 435 | 3e-26 | 92.9 | Major Facilitator Superfamily |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。