Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003594`

染色体: Chr02 坐标: 57145455-57146741 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003594`
名称	SmilChr02G003594
描述	uncharacterized SmilChr02G003594
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	57145455 - 57146741 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010556`
GeneID	`131010556`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010556`
原始查询	`LOC131010556`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010556

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057794096.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057794096.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794096.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794096.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057794096.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:57145545`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C21,C4,D10,D11
`Chr2:57145650`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr2:57145660`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	51	A10,A14,A19,A8,A9,B100,B101,B104,B108,B131,B134,B138,B20,B23,B3,B30,B37,B40,B44,B46,B48,B53,B63,B68,B8,B82,B83,B90,B92,B94,C27,C30,C32,C36,C43,C45,C51,C58,C60,C61,C68,C73,C77,C8,C82,C86,C87,C9,D10,D3,D5
`Chr2:57145667`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B29,C55,D8
`Chr2:57145681`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	98	A11,A14,A18,A19,A21,A4,A8,A9,B100,B108,B109,B113,B115,B118,B123,B126,B130,B134,B135,B138,B14,B15,B17,B20,B22,B23,B24,B30,B31,B41,B45,B46,B48,B50,B51,B53,B59,B6,B60,B63,B64,B65,B68,B7,B76,B77,B82,B83,B89,B9,B92,B93,B99,C1,C10,C11,C15,C16,C18,C19,C2,C21,C22,C23,C24,C26,C3,C31,C32,C33,C36,C42,C43,C44,C45,C48,C51,C52,C53,C58,C6,C61,C63,C64,C66,C67,C68,C69,C73,C77,C83,C84,C86,C9,D10,D2,D3,D5
`Chr2:57145700`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	117	A11,A15,A16,A18,A23,A3,A5,A6,B1,B100,B102,B103,B106,B110,B113,B114,B115,B118,B119,B12,B122,B124,B125,B126,B127,B128,B13,B135,B136,B140,B15,B18,B25,B27,B3,B31,B33,B38,B39,B4,B42,B43,B45,B46,B47,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B69,B7,B73,B75,B76,B77,B80,B81,B84,B88,B9,B93,B95,B96,B97,B99,C1,C10,C11,C14,C15,C16,C18,C19,C2,C21,C22,C23,C24,C26,C31,C33,C34,C41,C44,C48,C49,C5,C52,C55,C57,C58,C6,C61,C63,C64,C66,C67,C69,C72,C73,C76,C81,C82,C83,D2,D7
`Chr2:57145701`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	13	A21,B123,B14,B15,B24,B41,B45,B59,B89,B93,C16,C3,C53
`Chr2:57145708`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B130,B31,C65
`Chr2:57145708`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B130,B31,C65
`Chr2:57145716`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A10
`Chr2:57145729`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B35,B66,C78,C8
`Chr2:57145856`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938113.1
GCTGATGTTCAGACCCAATGTGCTAACTTGAACGTAGTTCATGGTGAAAATAGCGTTGTTGAAACAATTTTTAAACAATGGATGGGTTCTGTTGAGTTGACAACTTTGCCGGCCGAAGTTCAGTTGCCGTCAGGTAATTCCCAATTTGCCGACGTGGATTGGTTCAAACAGGCCTTGAATTCTAATGAACGCCTTGAGAACTTTCATATGGATGCCTTTTTTAGCACGATGGCAATTAATTATGACATCCAACTTGACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010556
ATGGGTTCTGTTGAGTTGACAACTTTGCCGGCCGAAGTTCAGTTGCCGTCAGGTAATTCCCAATTTGCCGACGTGGATTGGTTCAAACAGGCCTTGAATTCTAATGAACGCCTTGAGAACTTTCATATGGATGCCTTTTTTAGCACGATGGCAATTAATTATGACATCCAACTTGACAATGTTGGTGTACGTGAATGGACAATAATTGATCGAGTCGGTTTGAATGCTCTGAGAGAAACAGATCTTGGTATTTGTAGCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794096.1
MGSVELTTLPAEVQLPSGNSQFADVDWFKQALNSNERLENFHMDAFFSTMAINYDIQLDNVGVREWTIIDRVGLNALRETDLGICSSVLVPYSRGYYPRCSGLRWVDCNRVFGFAWIEGCHWILYELSLKDEVIRVYFAEEVSWMEVKCFFDNVRSNLKKFIQWDNNSDIRDPSTEREWEVVRSTCFVGGPDGIQSGVMALKFLECLIYNLPLAIVDPACCASYRYSFCAQLFANCIRKV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器