Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003627`

染色体: Chr02 坐标: 57610162-57614313 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003627`
名称	SmilChr02G003627
描述	blue copper protein-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	57610162 - 57614313 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010584`
GeneID	`131010584`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010584`
原始查询	`LOC131010584`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	blue copper protein-like
产物	blue copper protein-like
Arabidopsis	`AT1G72230` (AT1G72230) Cupredoxin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843555] identity=66.7; qcov=0.511; evalue=4.15e-42; confidence=medium
Rice	`Os06g0218600` (OsUCL16) - identity=49.4; qcov=0.872; evalue=4.93e-42; confidence=medium
GO	GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009055 (electron transfer activity)
KEGG	-
Pfam	PF02298 (Cu_bind_like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010584

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057794153.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.40000	`XP_057794153.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057794153.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794153.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794153.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:57610249`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B103,B25,B32
`Chr2:57610258`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,B104,B127
`Chr2:57610386`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr2:57613723`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,A4,B100,B4,B93
`Chr2:57613755`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B109
`Chr2:57613755`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B109
`Chr2:57613780`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B140
`Chr2:57613925`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr2:57613966`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr2:57613978`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C28,C48
`Chr2:57613981`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794153.1

188 aa

188

Cu_bind_like

PF02298 Cu_bind_like 36-116 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794153.1`	Pfam	`PF02298`	Cu_bind_like	Domain	36	116	1.1e-23	83.7	Plastocyanin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938170.1
CACTCTGAAACTAACTCCATAGTCTACAATCACCCATAATTATCCCCACAAAAACTGCCCAAAGAAGAATATGAGAATGGGGAAATGCATAAGGTGCGGAATTGCATGTTTGATGATAATATGTGGAATTGAAGCAGCTGCAGCTGCTGTTTATACAGTTGGCGACTCTTCTGGTTGGTCGATTGGTGCAGATTATGCCACGTGGACTACTGACAAGACCTTCTCCGTTGGTGATACCCTTGCGTTCAACTATCCTCCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010584
ATGAGAATGGGGAAATGCATAAGGTGCGGAATTGCATGTTTGATGATAATATGTGGAATTGAAGCAGCTGCAGCTGCTGTTTATACAGTTGGCGACTCTTCTGGTTGGTCGATTGGTGCAGATTATGCCACGTGGACTACTGACAAGACCTTCTCCGTTGGTGATACCCTTGCGTTCAACTATCCTCCTGGCCACACTGTGGATGAAGTGAGTGCAAGCGACTACAAGACATGCACCATCGGCAACGCCATCGCCTCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794153.1
MRMGKCIRCGIACLMIICGIEAAAAAVYTVGDSSGWSIGADYATWTTDKTFSVGDTLAFNYPPGHTVDEVSASDYKTCTIGNAIASDSSGATSVSLKTAGPHYYICGVPGHCGGGMKLAITVAAGAGNTTTLSPAPPAAVTTLAPPTGLAVPAGGTFTDPYSSSARLSVAAAAVFAFYALAIFNCFII

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器