当前解析结果
SmilChr02G003638| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003638 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003638 |
| 描述 | ethylene-responsive transcription factor 1A-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 57742456 - 57743200 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131010596 |
|---|---|
| GeneID | 131010596 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010596 |
| 原始查询 | LOC131010596 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ethylene-responsive transcription factor 1A-like |
| 产物 | ethylene-responsive transcription factor 1A-like |
| Arabidopsis | AT5G47220 (ERF2)ethylene responsive element binding factor 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834768] identity=65.3; qcov=0.738; evalue=1.86e-47; confidence=medium |
| Rice | Os02g0654700 (ERF91)- identity=75.7; qcov=0.44; evalue=1.62e-34; confidence=low |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0009873 (ethylene-activated signaling pathway) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00847 (AP2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010596 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057794174.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057794174.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057794174.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057794174.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057794174.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:57742767 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr2:57742794 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
Chr2:57742855 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B17 |
Chr2:57742890 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B94 |
Chr2:57742950 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A11,C83,C85 |
Chr2:57742961 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr2:57743051 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B17 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794174.1PF00847
AP2 58-109 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794174.1 |
Pfam | PF00847 |
AP2 | Domain | 58 | 109 | 2.2e-15 | 57.4 | AP2 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。