当前解析结果
SmilChr02G003656| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003656 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003656 |
| 描述 | mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17-2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 57947097 - 57947936 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131010613 |
|---|---|
| GeneID | 131010613 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010613 |
| 原始查询 | LOC131010613 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17-2-like |
| 产物 | mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17-2-like |
| Arabidopsis | AT2G37410 (TIM17-2)translocase inner membrane subunit 17-2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818317] identity=73.8; qcov=0.884; evalue=9.62e-76; confidence=high |
| Rice | Os07g0604500- identity=71.9; qcov=0.89; evalue=4.06e-73; confidence=high |
| GO | GO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0005744 (TIM23 mitochondrial import inner membrane translocase complex); GO:0008320 (transmembrane protein transporter activity); GO:0030150 (protein import into mitochondrial matrix) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02466 (Tim17) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010613 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057794207.1 |
| 2 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 1.00000 | XP_057794207.1 |
| 3 | Mitochondrion inner membrane | 线粒体内膜 | 0.60000 | XP_057794207.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057794207.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057794207.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:57947437 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A9,B103,B82,D7 |
Chr2:57947467 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A5,C22 |
Chr2:57947492 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B55 |
Chr2:57947551 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B30,B65,B88,C64,C74 |
Chr2:57947597 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B6,C67 |
Chr2:57947605 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B6,C67 |
Chr2:57947607 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B55 |
Chr2:57947638 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C71 |
Chr2:57947643 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B70,C87 |
Chr2:57947703 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B6,C67 |
Chr2:57947703 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B6,C67 |
Chr2:57947708 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B6,C67 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794207.1PF02466
Tim17 16-123 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794207.1 |
Pfam | PF02466 |
Tim17 | Family | 16 | 123 | 1.4e-29 | 103.4 | Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。