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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003656

染色体: Chr02 坐标: 57947097-57947936 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003656
名称SmilChr02G003656
描述mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17-2-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向57947097 - 57947936 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010613
GeneID131010613
locus_tag-
NCBI NameLOC131010613
原始查询LOC131010613

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17-2-like
产物mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM17-2-like
ArabidopsisAT2G37410 (TIM17-2)
translocase inner membrane subunit 17-2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818317]
identity=73.8; qcov=0.884; evalue=9.62e-76; confidence=high
RiceOs07g0604500
-
identity=71.9; qcov=0.89; evalue=4.06e-73; confidence=high
GOGO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0005744 (TIM23 mitochondrial import inner membrane translocase complex); GO:0008320 (transmembrane protein transporter activity); GO:0030150 (protein import into mitochondrial matrix)
KEGG-
PfamPF02466 (Tim17)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010613

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057794207.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057794207.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.60000 XP_057794207.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794207.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794207.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:57947437 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B103,B82,D7
Chr2:57947467 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,C22
Chr2:57947492 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr2:57947551 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B30,B65,B88,C64,C74
Chr2:57947597 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,C67
Chr2:57947605 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,C67
Chr2:57947607 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr2:57947638 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr2:57947643 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B70,C87
Chr2:57947703 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B6,C67
Chr2:57947703 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,C67
Chr2:57947708 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794207.1
164 aa
N
1
82
164
Tim17
C
PF02466 Tim17 16-123 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794207.1 Pfam PF02466 Tim17 Family 16 123 1.4e-29 103.4 Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938224.1
AATTTTTTGACGATAAATTTATAACTACGTAGAACAAAAAGAACGTACCCTAAAACTGGAAGCGGAGACGAACGTAGTTCCTGATCGCATCCGCCGTCGCCCCCTCCCCCTCCCCAGTGGCCGTCGCTCACCTTCGATCTCTTTTTATTTGATGGGCAGCGTGCCGGAAATATCTAGAGAACCTTGCCCGGACCGTATCATTGATGACATAGGTGCATCTTTTGGGATCGGTGCGGTTGGTGGCGGAGCTTTCCATTTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010613
ATGGGCAGCGTGCCGGAAATATCTAGAGAACCTTGCCCGGACCGTATCATTGATGACATAGGTGCATCTTTTGGGATCGGTGCGGTTGGTGGCGGAGCTTTCCATTTGTTGAGAGGAATGTATAACTCGCCTAAAGGGGAGCGTTTGATTGGGGGTTGCGAAGCAGTCCGCATGAGTGCTCCTCGTGTTGGTGGTAGTTTTGCAGTGTGGGGTGCGCTCTTCTCCACCTTCGACTGCACGGCCGTGTACTTGAGGCAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794207.1
MGSVPEISREPCPDRIIDDIGASFGIGAVGGGAFHLLRGMYNSPKGERLIGGCEAVRMSAPRVGGSFAVWGALFSTFDCTAVYLRQKEDPWNAIIAGAATGGFLQMRRGLAAASRSALFAAALLALIEGAGIMFNKVLTPPMEDPLQMNPHSSSSSWFGGNEEL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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