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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003665

染色体: Chr02 坐标: 58044890-58052071 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003665
名称SmilChr02G003665
描述serine hydroxymethyltransferase 2, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向58044890 - 58052071 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010621
GeneID131010621
locus_tag-
NCBI NameLOC131010621
原始查询LOC131010621

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine hydroxymethyltransferase 2, mitochondrial
产物serine hydroxymethyltransferase 2%2C mitochondrial
ArabidopsisAT5G26780 (SHM2)
serine hydroxymethyltransferase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832736]
identity=89.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0738400 (OsSHM1)
-
identity=86.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004372 (glycine hydroxymethyltransferase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006565 (L-serine catabolic process); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0019264 (GO:0019264); GO:0030170 (pyridoxal phosphate binding); GO:0035999 (tetrahydrofolate interconversion); GO:0046655 (folic acid metabolic process); GO:0050897 (cobalt ion binding); GO:0070905 (serine binding)
KEGGsmil00260 (Glycine, serine and threonine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00460 (Cyanoamino acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00630 (Glyoxylate and dicarboxylate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00670 (One carbon pool by folate - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04981 (Folate transport and metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00464 (SHMT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010621

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057794216.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057794218.1
3 Mitochondrion matrix 线粒体基质 1.00000 XP_057794216.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057794218.1
5 Peroxisome 过氧化物酶体 0.60000 XP_057794218.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:58045095 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B122,B71,B82,C62
Chr2:58045439 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B53,B71,C45
Chr2:58046257 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B101,B56
Chr2:58046693 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,C55
Chr2:58046965 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,D6
Chr2:58048603 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B11,C55
Chr2:58048838 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,D7
Chr2:58049653 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B132,B9,C67
Chr2:58051060 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794216.1
505 aa
N
1
252
505
SHMT
C
PF00464 SHMT 44-441 aa
XP_057794217.1
505 aa
N
1
252
505
SHMT
C
PF00464 SHMT 44-441 aa
XP_057794218.1
426 aa
N
1
213
426
SHMT
C
PF00464 SHMT 1-362 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794216.1 Pfam PF00464 SHMT Domain 44 441 3e-213 708.4 Serine hydroxymethyltransferase
XP_057794217.1 Pfam PF00464 SHMT Domain 44 441 3e-213 708.4 Serine hydroxymethyltransferase
XP_057794218.1 Pfam PF00464 SHMT Domain 1 362 1.9e-197 656.4 Serine hydroxymethyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938233.1
TTCTCAAAGAAAAAGAAAATAATAATGCGTATGCGTTCCCCGTCGTCACCAACCCACACCACCAACTCCCGCTCTCTCCTCCCTTAACACAGATCCCATTCACACACACACACACACACTCTGCTGAGTGAGAGAAAATACAGTTTGCAGCGGCCATGGCTTTCCGGCGCCTTTCCTCCATTCGTTCTCTCTATTCCCCTCGTTACATGTCTTCCTTCGCCAATCAAGCTGCTACCCGCAACGACAGCTCTCGAGTCACC...
XM_057938234.1
TTCTCAAAGAAAAAGAAAATAATAATGCGTATGCGTTCCCCGTCGTCACCAACCCACACCACCAACTCCCGCTCTCTCCTCCCTTAACACAGATCCCATTCACACACACACACACACACTCTGCTGAGTGAGAGAAAATACAGTTTGCAGCGGCCATGGCTTTCCGGCGCCTTTCCTCCATTCGTTCTCTCTATTCCCCTCGTTACATGTCTTCCTTCGCCAATCAAGCTGCTACCCGCAACGACAGCTCTCGAGTCACC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131010621
ATGGCTTTCCGGCGCCTTTCCTCCATTCGTTCTCTCTATTCCCCTCGTTACATGTCTTCCTTCGCCAATCAAGCTGCTACCCGCAACGACAGCTCTCGAGTCACCTGGATAAAGCAATTGAATGCGCCGCTGGAGGAGGTGGATCCGGAGGTTGCGGACATCATTGAGCTTGAGAAGGCCAGACAATGGAAGGGGTTGGAGCTTATACCATCGGAGAACTTCACTTCGCTTTCAGTAATGCAAGCTGTTGGATCAGTTAT...
LOC131010621
ATGGCTTTCCGGCGCCTTTCCTCCATTCGTTCTCTCTATTCCCCTCGTTACATGTCTTCCTTCGCCAATCAAGCTGCTACCCGCAACGACAGCTCTCGAGTCACCTGGATAAAGCAATTGAATGCGCCGCTGGAGGAGGTGGATCCGGAGGTTGCGGACATCATTGAGCTTGAGAAGGCCAGACAATGGAAGGGGTTGGAGCTTATACCATCGGAGAACTTCACTTCGCTTTCAGTAATGCAAGCTGTTGGATCAGTTAT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057794216.1
MAFRRLSSIRSLYSPRYMSSFANQAATRNDSSRVTWIKQLNAPLEEVDPEVADIIELEKARQWKGLELIPSENFTSLSVMQAVGSVMTNKYSEGYPGARYYGGNEYIDMAERLCQKRALETFQLDPEKWGVNVQSLSGSPANFQVYTALLKPHERIMALDLPHGGHLSHGYQTDTKKISAVSIFFETMPYRLDESTGYVDYDQLEKSAVLFRPKLIVAGASAYARLYDYARIRKVCDKQKAIMLADMAHISGLVAAGVIP...
XP_057794217.1
MAFRRLSSIRSLYSPRYMSSFANQAATRNDSSRVTWIKQLNAPLEEVDPEVADIIELEKARQWKGLELIPSENFTSLSVMQAVGSVMTNKYSEGYPGARYYGGNEYIDMAERLCQKRALETFQLDPEKWGVNVQSLSGSPANFQVYTALLKPHERIMALDLPHGGHLSHGYQTDTKKISAVSIFFETMPYRLDESTGYVDYDQLEKSAVLFRPKLIVAGASAYARLYDYARIRKVCDKQKAIMLADMAHISGLVAAGVIP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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