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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003684

染色体: Chr02 坐标: 58208074-58213277 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003684
名称SmilChr02G003684
描述KH domain-containing protein HEN4-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向58208074 - 58213277 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010637
GeneID131010637
locus_tag-
NCBI NameLOC131010637
原始查询LOC131010637

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述KH domain-containing protein HEN4-like
产物KH domain-containing protein HEN4-like
ArabidopsisAT1G51580 (AT1G51580)
RNA-binding KH domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841583]
identity=35.9; qcov=0.974; evalue=1.18e-99; confidence=medium
RiceOs01g0235800
-
identity=44.8; qcov=0.736; evalue=2.93e-118; confidence=medium
GOGO:0003729 (mRNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0010468 (regulation of gene expression)
KEGG-
PfamPF00013 (KH_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010637

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057794243.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057794243.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794243.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794243.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057794243.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:58209656 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C17
Chr2:58209656 TTC T 2bp_deletion CDS_variant 1 C17
Chr2:58209659 A ATG 2bp_insertion frameshift_variant 1 C17
Chr2:58209659 A ATG 2bp_insertion CDS_variant 1 C17
Chr2:58210211 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B70,C87
Chr2:58210652 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B97
Chr2:58210652 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr2:58210981 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,A7,B133,C81
Chr2:58211265 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr2:58211635 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:58211668 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,C48
Chr2:58211734 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B133,C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794243.1
686 aa
N
1
343
686
KH_1
KH_1
KH_1
KH_1
KH_1
C
PF00013 KH_1 45-101 aa PF00013 KH_1 183-247 aa PF00013 KH_1 321-373 aa PF00013 KH_1 408-474 aa PF00013 KH_1 613-676 aa
XP_057794244.1
686 aa
N
1
343
686
KH_1
KH_1
KH_1
KH_1
KH_1
C
PF00013 KH_1 45-101 aa PF00013 KH_1 183-247 aa PF00013 KH_1 321-373 aa PF00013 KH_1 408-474 aa PF00013 KH_1 613-676 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794243.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 45 101 3.2e-70 232.5 KH domain
XP_057794243.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 183 247 3.2e-70 232.5 KH domain
XP_057794243.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 321 373 3.2e-70 232.5 KH domain
XP_057794243.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 408 474 3.2e-70 232.5 KH domain
XP_057794243.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 613 676 3.2e-70 232.5 KH domain
XP_057794244.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 45 101 3.2e-70 232.5 KH domain
XP_057794244.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 183 247 3.2e-70 232.5 KH domain
XP_057794244.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 321 373 3.2e-70 232.5 KH domain
XP_057794244.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 408 474 3.2e-70 232.5 KH domain
XP_057794244.1 Pfam PF00013 KH_1 Domain 613 676 3.2e-70 232.5 KH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938260.1
AAATAAATTATTAAAAAATATACTGTATCTCTCTCACTCAGGTCTACTGCTCCTTCCATTGCTCTAGTCGCGCCGCCTCATCCGTCCGCTCGCCACCACCGATTGCACAAAACAGCCCGTCGCCAGCAGCATCAAATTCCGGCATGCCGTCTTCATAAGCCCAGCTGGTGCGCAGCCGGTTGCCTCAGCAGTCGCCGTCGCTCATCGTCAATAGCCACCGGCAGCCGTCGCCCTTTTTTTTGTTCGATTCAAGAAGCTGT...
XM_057938261.1
AAAAATATACTGTATCTCTCTCACTCAGGTCTACTGCTCCTTCCATTGCTCTAGTCGCGCCGCCTCATCCGTCCGCTCGCCACCACCGATTGCACAAAACAGCCCGTCGCCAGCAGCATCAAATTCCGGCATGCCGTCTTCATAAGCCCAGCTGGTGCGCAGCCGGTTGCCTCAGCAGTCGCCGTCGCTCATCGTCAATAGCCACCGGCAGCCGTCGCCCTTTTTTTTGTTCGATTCAAGAAGCTGTTATTCTCTTGGCG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131010637
ATGTCGGCTCAAGTTACACCTGCTAAGAGGCCACTCGACCAAAGTCTTACAGATGTAAGTGGTAGAAGGAAGTGGCAGAAATCGGCAGGTTCTGATATTGCACCATTTAATTCATCATCATCTAGCAAGGTTATACGAGTACTTTGCCCAGCTTCCAGAATTGGTGGCATTATTGGAAAAGGTGGCAGCACCATATCTCAAATACGCCAAGAGACTGGAGCAAGAGTCCGCGTCGAGGAAACGATACCTGGATGTGATGA...
LOC131010637
ATGTCGGCTCAAGTTACACCTGCTAAGAGGCCACTCGACCAAAGTCTTACAGATGTAAGTGGTAGAAGGAAGTGGCAGAAATCGGCAGGTTCTGATATTGCACCATTTAATTCATCATCATCTAGCAAGGTTATACGAGTACTTTGCCCAGCTTCCAGAATTGGTGGCATTATTGGAAAAGGTGGCAGCACCATATCTCAAATACGCCAAGAGACTGGAGCAAGAGTCCGCGTCGAGGAAACGATACCTGGATGTGATGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057794243.1
MSAQVTPAKRPLDQSLTDVSGRRKWQKSAGSDIAPFNSSSSSKVIRVLCPASRIGGIIGKGGSTISQIRQETGARVRVEETIPGCDERVIIIVGLDKAKEIVSEQVKAEDEETKIPESSENPEEDGEGNEEQDVPVDDSKSDKDKENSSVQKALLVVFDKMVDMLAETKEGEEESKKPSSFVVRLLVFSGQVGCLLGKAGSVIKQMSSESGAQIRILPKDKLPACSSSSDELVQISGTLDAIRKALLSVSQQLLEHIPKY...
XP_057794244.1
MSAQVTPAKRPLDQSLTDVSGRRKWQKSAGSDIAPFNSSSSSKVIRVLCPASRIGGIIGKGGSTISQIRQETGARVRVEETIPGCDERVIIIVGLDKAKEIVSEQVKAEDEETKIPESSENPEEDGEGNEEQDVPVDDSKSDKDKENSSVQKALLVVFDKMVDMLAETKEGEEESKKPSSFVVRLLVFSGQVGCLLGKAGSVIKQMSSESGAQIRILPKDKLPACSSSSDELVQISGTLDAIRKALLSVSQQLLEHIPKY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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