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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003978`

染色体: Chr01 坐标: 58236878-58238026 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003978`
名称	SmilChr01G003978
描述	uncharacterized SmilChr01G003978
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	58236878 - 58238026 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010642`
GeneID	`131010642`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010642`
原始查询	`LOC131010642`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0156200; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os12g0156200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT5G18636` (AT5G18636) Ta11-like non-LTR retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745990] identity=24.8; qcov=0.634; evalue=3.6e-20; confidence=weak
Rice	`Os12g0156200` - identity=32.8; qcov=0.487; evalue=7.91e-21; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14111 (DUF4283); PF14392 (zf-CCHC_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010642

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057794257.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057794257.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057794257.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794257.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794257.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:58236903`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B52
`Chr1:58236903`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B52
`Chr1:58236907`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A22,B35,B52,C27
`Chr1:58236974`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B61,C47,C56,C65
`Chr1:58236990`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B61,C47,C56,C65
`Chr1:58236994`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B61,C47,C56,C65
`Chr1:58237067`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B28,B6
`Chr1:58237093`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr1:58237108`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B6
`Chr1:58237150`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr1:58237164`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr1:58237168`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794257.1

382 aa

191

382

DUF4283

zf-CCHC_4

PF14111 DUF4283 32-108 aa PF14392 zf-CCHC_4 172-217 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794257.1`	Pfam	`PF14111`	DUF4283	Domain	32	108	5.7e-19	68.3	Domain of unknown function (DUF4283)
`XP_057794257.1`	Pfam	`PF14392`	zf-CCHC_4	Domain	172	217	9.7e-16	57.9	Zinc knuckle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938274.1
ATGGAAGAACAGATGGCTTCTCTCAATTTGTCAAATGAAGATGATGAGCTGATCCTCGATGATGAGATTACTGCAGACTCGACAGTCTCCGTAGATCTGTGCTTGGTAGGAAGATTCCTTACGGATCAACCAATCAATTTCAATCTCATGCGAAGCCGACTGGCGAGTATCTGGCGACCGGGAAAAGGCGTTTTTATGAAAGATATTGGCCAAGGCAGATTTATCTTTCAGTTTTTTCATGAGCTTGATCTGAAGCGTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010642
ATGGAAGAACAGATGGCTTCTCTCAATTTGTCAAATGAAGATGATGAGCTGATCCTCGATGATGAGATTACTGCAGACTCGACAGTCTCCGTAGATCTGTGCTTGGTAGGAAGATTCCTTACGGATCAACCAATCAATTTCAATCTCATGCGAAGCCGACTGGCGAGTATCTGGCGACCGGGAAAAGGCGTTTTTATGAAAGATATTGGCCAAGGCAGATTTATCTTTCAGTTTTTTCATGAGCTTGATCTGAAGCGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794257.1
MEEQMASLNLSNEDDELILDDEITADSTVSVDLCLVGRFLTDQPINFNLMRSRLASIWRPGKGVFMKDIGQGRFIFQFFHELDLKRVYEGGPWAFGNFPLILHRLKKGEFPLSVPLDLLPFWVQIHDLPAGFLTEGVGKLLGNFIGSFMEYDNTNSSGVWRQYMRIRVGIRVNDPLKRFKKLKQKDGTPFTVRFKYERLNVFCFLCGKLGHSESYCELLFNEKTKDMKREWGVDLKAADRRSPNLAGDKWLRVEDGGNPS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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