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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003700

染色体: Chr02 坐标: 58464600-58468207 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003700
名称SmilChr02G003700
描述ergosterol biosynthetic protein 28
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向58464600 - 58468207 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010654
GeneID131010654
locus_tag-
NCBI NameLOC131010654
原始查询LOC131010654

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ergosterol biosynthetic protein 28
产物ergosterol biosynthetic protein 28
ArabidopsisAT1G10030 (ERG28)
ergosterol biosynthesis protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837538]
identity=77.2; qcov=0.984; evalue=2.77e-70; confidence=high
RiceOs12g0633200
-
identity=77.5; qcov=1; evalue=3.43e-74; confidence=high
GOGO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0016020 (membrane); GO:0030674 (protein-macromolecule adaptor activity)
KEGG-
PfamPF03694 (Erg28)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010654

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057794270.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057794270.1
3 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057794270.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794270.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794270.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:58466107 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B91,B98,C87,D2
Chr2:58466157 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:58466197 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B4
Chr2:58466251 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B104,C30,C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794270.1
129 aa
N
1
64
129
Erg28
C
PF03694 Erg28 4-112 aa
XP_057794271.1
129 aa
N
1
64
129
Erg28
C
PF03694 Erg28 4-112 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794270.1 Pfam PF03694 Erg28 Family 4 112 1.5e-30 106.4 Erg28 like protein
XP_057794271.1 Pfam PF03694 Erg28 Family 4 112 1.5e-30 106.4 Erg28 like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938288.1
TGGGGGGGGCGATATAAATTTTTTGTTACGATATAAATGGAATGGAATGAGAAGTATTTTTGCGACCAAAAACGAAAAATCAAATTAGCAAAACAAGCAGAACGACGCCGTTGGATTCTGCGGCGGCTGATGTGTGTTTCTATCCCTAAATCAGAGTCATTACTTTCTGACTCCAAAAAGACAGCGAGAGAGAGAAGATGAAGTTACTAGGGTGGTGGCTGATGCTTGTGGGCACGCTTCGATTAGCTTCGGTGTGGTTC...
XM_057938287.1
GAGAAGTATTTTTGCGACCAAAAACGAAAAATCAAATTAGCAAAACAAGCAGAACGACGCCGTTGGATTCTGCGGCGGCTGATGTGTGTTTCTATCCCTAAATCAGAGTCATTACTTTCTGACTCCAAAAAGACAGCGAGAGAGAGAAGATGAAGTTACTAGGGTGGTGGCTGATGCTTGTGGGCACGCTTCGATTAGCTTCGGTGTGGTTCGGATTCTTTGATATATGGGCTCTTCAGCTCGCCGTTTACTCCAAAGCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131010654
ATGAAGTTACTAGGGTGGTGGCTGATGCTTGTGGGCACGCTTCGATTAGCTTCGGTGTGGTTCGGATTCTTTGATATATGGGCTCTTCAGCTCGCCGTTTACTCCAAAGCCACCATGACTGAAGTTCACGGACGCACTTTTGGAGTTTGGACACTGTTGACTTGCACGCTTTGCTATCTCTGCGCATTTAACCTTGATAACAAGCCTCTATATTTGGCGACATTCCTATCCTTCATCTATGCGTTTGGTCATTTCCTGTC...
LOC131010654
ATGAAGTTACTAGGGTGGTGGCTGATGCTTGTGGGCACGCTTCGATTAGCTTCGGTGTGGTTCGGATTCTTTGATATATGGGCTCTTCAGCTCGCCGTTTACTCCAAAGCCACCATGACTGAAGTTCACGGACGCACTTTTGGAGTTTGGACACTGTTGACTTGCACGCTTTGCTATCTCTGCGCATTTAACCTTGATAACAAGCCTCTATATTTGGCGACATTCCTATCCTTCATCTATGCGTTTGGTCATTTCCTGTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057794270.1
MKLLGWWLMLVGTLRLASVWFGFFDIWALQLAVYSKATMTEVHGRTFGVWTLLTCTLCYLCAFNLDNKPLYLATFLSFIYAFGHFLSEYLIYHTMAIGNLTTVGIFAGTSIILMLLQWNSHQPAKAKHQ
XP_057794271.1
MKLLGWWLMLVGTLRLASVWFGFFDIWALQLAVYSKATMTEVHGRTFGVWTLLTCTLCYLCAFNLDNKPLYLATFLSFIYAFGHFLSEYLIYHTMAIGNLTTVGIFAGTSIILMLLQWNSHQPAKAKHQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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