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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003760

染色体: Chr02 坐标: 59263956-59289989 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003760
名称SmilChr02G003760
描述DNA-directed RNA polymerase III subunit 1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向59263956 - 59289989 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010670
GeneID131010670
locus_tag-
NCBI NameLOC131010670
原始查询LOC131010670

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNA-directed RNA polymerase III subunit 1
产物DNA-directed RNA polymerase III subunit 1
ArabidopsisAT5G60040 (NRPC1)
nuclear RNA polymerase C1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836126]
identity=62; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0492300
-
identity=62.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003899 (DNA-directed RNA polymerase activity); GO:0006351 (DNA-templated transcription)
KEGGsmil03020 (RNA polymerase - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00623 (RNA_pol_Rpb1_2); PF04983 (RNA_pol_Rpb1_3); PF04997 (RNA_pol_Rpb1_1); PF04998 (RNA_pol_Rpb1_5); PF05000 (RNA_pol_Rpb1_4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010670

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057794289.1
2 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057794290.1
3 Nucleolus 核仁 0.20000 XP_057794289.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794291.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794291.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:59265462 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:59265537 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 29 A15,A21,A4,A7,A8,B110,B114,B115,B126,B139,B17,B30,B57,B62,B63,B74,B83,B85,C11,C12,C31,C33,C46,C49,C51,C52,C69,C77,C80
Chr2:59265555 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr2:59265834 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 12 B106,B136,B58,B59,B65,B75,B77,C40,C50,C52,C84,D11
Chr2:59267332 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr2:59268524 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr2:59268647 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr2:59268736 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:59272413 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C45
Chr2:59273451 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B70,B72,C87
Chr2:59275298 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr2:59275310 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794289.1
1454 aa
N
1
727
1454
RNA_pol_Rpb1_1
RNA_pol_Rpb1_2
RNA_pol_Rpb1_3
RNA_pol_Rpb1_4
RNA_pol_Rpb1_5
C
PF04997 RNA_pol_Rpb1_1 111-400 aa PF00623 RNA_pol_Rpb1_2 402-568 aa PF04983 RNA_pol_Rpb1_3 571-743 aa PF05000 RNA_pol_Rpb1_4 771-874 aa PF04998 RNA_pol_Rpb1_5 881-1375 aa
XP_057794290.1
1449 aa
N
1
724
1449
RNA_pol_Rpb1_1
RNA_pol_Rpb1_2
RNA_pol_Rpb1_3
RNA_pol_Rpb1_4
RNA_pol_Rpb1_5
C
PF04997 RNA_pol_Rpb1_1 111-400 aa PF00623 RNA_pol_Rpb1_2 402-568 aa PF04983 RNA_pol_Rpb1_3 571-743 aa PF05000 RNA_pol_Rpb1_4 771-874 aa PF04998 RNA_pol_Rpb1_5 881-1382 aa
XP_057794291.1
1413 aa
N
1
706
1413
RNA_pol_Rpb1_1
RNA_pol_Rpb1_2
RNA_pol_Rpb1_3
RNA_pol_Rpb1_4
RNA_pol_Rpb1_5
C
PF04997 RNA_pol_Rpb1_1 22-359 aa PF00623 RNA_pol_Rpb1_2 361-527 aa PF04983 RNA_pol_Rpb1_3 530-702 aa PF05000 RNA_pol_Rpb1_4 730-833 aa PF04998 RNA_pol_Rpb1_5 840-1334 aa
XP_057794292.1
1408 aa
N
1
704
1408
RNA_pol_Rpb1_1
RNA_pol_Rpb1_2
RNA_pol_Rpb1_3
RNA_pol_Rpb1_4
RNA_pol_Rpb1_5
C
PF04997 RNA_pol_Rpb1_1 22-359 aa PF00623 RNA_pol_Rpb1_2 361-527 aa PF04983 RNA_pol_Rpb1_3 530-702 aa PF05000 RNA_pol_Rpb1_4 730-833 aa PF04998 RNA_pol_Rpb1_5 840-1341 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794289.1 Pfam PF04997 RNA_pol_Rpb1_1 Domain 111 400 1.4e-62 212.6 RNA polymerase Rpb1, domain 1
XP_057794289.1 Pfam PF00623 RNA_pol_Rpb1_2 Domain 402 568 6.3e-75 251.7 RNA polymerase Rpb1, domain 2
XP_057794289.1 Pfam PF04983 RNA_pol_Rpb1_3 Domain 571 743 3.3e-40 138.3 RNA polymerase Rpb1, domain 3
XP_057794289.1 Pfam PF05000 RNA_pol_Rpb1_4 Domain 771 874 6.4e-31 107.1 RNA polymerase Rpb1, domain 4
XP_057794289.1 Pfam PF04998 RNA_pol_Rpb1_5 Domain 881 1375 8e-87 291.8 RNA polymerase Rpb1, domain 5
XP_057794290.1 Pfam PF04997 RNA_pol_Rpb1_1 Domain 111 400 1.5e-62 212.5 RNA polymerase Rpb1, domain 1
XP_057794290.1 Pfam PF00623 RNA_pol_Rpb1_2 Domain 402 568 6.3e-75 251.7 RNA polymerase Rpb1, domain 2
XP_057794290.1 Pfam PF04983 RNA_pol_Rpb1_3 Domain 571 743 3.4e-40 138.3 RNA polymerase Rpb1, domain 3
XP_057794290.1 Pfam PF05000 RNA_pol_Rpb1_4 Domain 771 874 6.2e-31 107.2 RNA polymerase Rpb1, domain 4
XP_057794290.1 Pfam PF04998 RNA_pol_Rpb1_5 Domain 881 1382 1e-88 298.0 RNA polymerase Rpb1, domain 5
XP_057794291.1 Pfam PF04997 RNA_pol_Rpb1_1 Domain 22 359 6e-77 259.8 RNA polymerase Rpb1, domain 1
XP_057794291.1 Pfam PF00623 RNA_pol_Rpb1_2 Domain 361 527 5.9e-75 251.8 RNA polymerase Rpb1, domain 2
XP_057794291.1 Pfam PF04983 RNA_pol_Rpb1_3 Domain 530 702 3.1e-40 138.4 RNA polymerase Rpb1, domain 3
XP_057794291.1 Pfam PF05000 RNA_pol_Rpb1_4 Domain 730 833 6e-31 107.2 RNA polymerase Rpb1, domain 4
XP_057794291.1 Pfam PF04998 RNA_pol_Rpb1_5 Domain 840 1334 7.3e-87 291.9 RNA polymerase Rpb1, domain 5
XP_057794292.1 Pfam PF04997 RNA_pol_Rpb1_1 Domain 22 359 6.3e-77 259.7 RNA polymerase Rpb1, domain 1
XP_057794292.1 Pfam PF00623 RNA_pol_Rpb1_2 Domain 361 527 5.9e-75 251.8 RNA polymerase Rpb1, domain 2
XP_057794292.1 Pfam PF04983 RNA_pol_Rpb1_3 Domain 530 702 3.1e-40 138.4 RNA polymerase Rpb1, domain 3
XP_057794292.1 Pfam PF05000 RNA_pol_Rpb1_4 Domain 730 833 5.7e-31 107.3 RNA polymerase Rpb1, domain 4
XP_057794292.1 Pfam PF04998 RNA_pol_Rpb1_5 Domain 840 1341 9.5e-89 298.1 RNA polymerase Rpb1, domain 5

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938307.1
GGAGAATCTGCAATATGAATTATGGATTCCTCCTTTGTGAAATAGAAAAGCAATATCTCCATTAATATATTTGAAAAAATTTCAGATGAACGATGAGATTCTTGCGGTGAGAAATTTGGGGTATGTGGAATTTGAGCCGCGCAGTTCTCCTCGGTCCTCTCCGGCTCGGTTTCTCTCTTGGAACTCAGGCGGAGCTCCTCTCTCGTTTAATTCTCCGTCCGACGCCGCCGTTCGCGCGGCACGACTCAGGCGGTCAGGCG...
XM_057938309.1
CGACGCCGCCGTTCGCGCGGCACGACTCAGGCGGTCAGGCGTCCACTCGCGGCTATTCTCCGCCGCGACTCAGCCACTCCAGTCGCCGGAGGGCTCTTCTGCGGCCGAGACTCCCACCAGCCGGCGTTGCCAGTCGTCGGTTCTCCTTCAAAGGAGATGAGGAGAGATCAAGGCAGTATGCAGTTCACCAAGCAGCCATACCTGGAAGACGTTGGTCCTCGAAAGATAGAAAGCCTTAAGTTCTCTACATTTTCTGAGAA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131010670
ATGTGGAATTTGAGCCGCGCAGTTCTCCTCGGTCCTCTCCGGCTCGGTTTCTCTCTTGGAACTCAGGCGGAGCTCCTCTCTCGTTTAATTCTCCGTCCGACGCCGCCGTTCGCGCGGCACGACTCAGGCGGTCAGGCGTCCACTCGCGGCTATTCTCCGCCGCGACTCAGCCACTCCAGTCGCCGGAGGGCTCTTCTGCGGCCGAGACTCCCACCAGCCGGCGTTGCCAGTCGTCGGTTCTCCTTCAAAGGAGATGAGGA...
LOC131010670
ATGAGGAGAGATCAAGGCAGTATGCAGTTCACCAAGCAGCCATACCTGGAAGACGTTGGTCCTCGAAAGATAGAAAGCCTTAAGTTCTCTACATTTTCTGAGAATGAAATACTAAAAATTTCTGAAGTTCAAGTTTCACGTGGCATTTATTACAATATGAACAGAAAGCCTGAAGATAGTGGGTTGTTAGACCCTCACATGGGGCCACCAAACAAGTTTGGCAAATGTGAAACATGTGGTGGAAATTATCATAACTGCCC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057794289.1
MWNLSRAVLLGPLRLGFSLGTQAELLSRLILRPTPPFARHDSGGQASTRGYSPPRLSHSSRRRALLRPRLPPAGVASRRFSFKGDEERSRQYAVHQAAIPGRRWSSKDGPPNKFGKCETCGGNYHNCPGHCGFLTLALPVYNVGFLGAIVDIMKCICKKCSIILLDEKQRQDFLKKMRNPKLEHLKKVELLKNIVKKCNGLAGSKRAVVCPRCGYINGMVKRVQLKIQHDRSKVADSADCSLKECQSALSHTKGNANLSL...
XP_057794290.1
MWNLSRAVLLGPLRLGFSLGTQAELLSRLILRPTPPFARHDSGGQASTRGYSPPRLSHSSRRRALLRPRLPPAGVASRRFSFKGDEERSRQYAVHQAAIPGRRWSSKDGPPNKFGKCETCGGNYHNCPGHCGFLTLALPVYNVGFLGAIVDIMKCICKKCSIILLDEKQRQDFLKKMRNPKLEHLKKVELLKNIVKKCNGLAGSKRAVVCPRCGYINGMVKRVQLKIQHDRSKVADSADCSLKECQSALSHTKGNANLSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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