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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003725

染色体: Chr02 坐标: 58874387-58885251 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003725
名称SmilChr02G003725
描述histone-lysine N-methyltransferase ATXR7-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向58874387 - 58885251 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010673
GeneID131010673
locus_tag-
NCBI NameLOC131010673
原始查询LOC131010673

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述histone-lysine N-methyltransferase ATXR7-like
产物histone-lysine N-methyltransferase ATXR7-like
ArabidopsisAT5G42400 (SDG25)
SET domain protein 25 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834246]
identity=71.7; qcov=0.23; evalue=1.67e-111; confidence=weak
RiceOs12g0613200 (OsSET43)
-
identity=78.1; qcov=0.203; evalue=4.64e-119; confidence=weak
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0042800 (histone H3K4 methyltransferase activity); GO:0048188 (Set1C/COMPASS complex); GO:0051568 (GO:0051568)
KEGG-
PfamPF00856 (SET)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010673

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057794296.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794296.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794296.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057794296.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057794296.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:58874914 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:58875041 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B33,B47,B93,C48
Chr2:58875113 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:58875182 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:58875185 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:58875206 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr2:58875253 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:58875382 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B20,B36,B4
Chr2:58875403 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B62
Chr2:58876856 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:58876993 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B28,B35,C1,C43
Chr2:58877001 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B28,B35,C1,C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794296.1
1127 aa
N
1
564
1127
SET
C
PF00856 SET 1000-1105 aa
XP_057794297.1
1127 aa
N
1
564
1127
SET
C
PF00856 SET 1000-1105 aa
XP_057794298.1
1127 aa
N
1
564
1127
SET
C
PF00856 SET 1000-1105 aa
XP_057794299.1
1127 aa
N
1
564
1127
SET
C
PF00856 SET 1000-1105 aa
XP_057794300.1
1127 aa
N
1
564
1127
SET
C
PF00856 SET 1000-1105 aa
XP_057794301.1
1127 aa
N
1
564
1127
SET
C
PF00856 SET 1000-1105 aa
XP_057794302.1
1127 aa
N
1
564
1127
SET
C
PF00856 SET 1000-1105 aa
XP_057794303.1
1127 aa
N
1
564
1127
SET
C
PF00856 SET 1000-1105 aa
XP_057794304.1
1127 aa
N
1
564
1127
SET
C
PF00856 SET 1000-1105 aa
XP_057794305.1
1127 aa
N
1
564
1127
SET
C
PF00856 SET 1000-1105 aa
XP_057794306.1
1127 aa
N
1
564
1127
SET
C
PF00856 SET 1000-1105 aa
XP_057794307.1
1124 aa
N
1
562
1124
SET
C
PF00856 SET 997-1102 aa
XP_057794308.1
1124 aa
N
1
562
1124
SET
C
PF00856 SET 997-1102 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794296.1 Pfam PF00856 SET Family 1000 1105 2.3e-28 99.4 SET domain
XP_057794297.1 Pfam PF00856 SET Family 1000 1105 2.3e-28 99.4 SET domain
XP_057794298.1 Pfam PF00856 SET Family 1000 1105 2.3e-28 99.4 SET domain
XP_057794299.1 Pfam PF00856 SET Family 1000 1105 2.3e-28 99.4 SET domain
XP_057794300.1 Pfam PF00856 SET Family 1000 1105 2.3e-28 99.4 SET domain
XP_057794301.1 Pfam PF00856 SET Family 1000 1105 2.3e-28 99.4 SET domain
XP_057794302.1 Pfam PF00856 SET Family 1000 1105 2.3e-28 99.4 SET domain
XP_057794303.1 Pfam PF00856 SET Family 1000 1105 2.3e-28 99.4 SET domain
XP_057794304.1 Pfam PF00856 SET Family 1000 1105 2.3e-28 99.4 SET domain
XP_057794305.1 Pfam PF00856 SET Family 1000 1105 2.3e-28 99.4 SET domain
XP_057794306.1 Pfam PF00856 SET Family 1000 1105 2.3e-28 99.4 SET domain
XP_057794307.1 Pfam PF00856 SET Family 997 1102 2.6e-28 99.2 SET domain
XP_057794308.1 Pfam PF00856 SET Family 997 1102 2.6e-28 99.2 SET domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

13 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938314.1
TCCATGAAATTTTATAGTATATGATCAAAATAATTAATACTCCAATATAAAAATTTATATTACGAGATGCGGAGCCCTAGATGCTGCTGTGTTGATATATCACTAATTTTCTCACTGATGTATTGCATTCGCAGCTACTTCCTCGTTATCTTCTCTCTCTCAATTCTGTGTTTCCCTTCTCCCTCCCCAAGCTCATTCTGCATTCTGTATCGGAGTGAAAATCAATCAACGGACAGCTACTCGATTGGATCAGCTAAGAT...
XM_057938313.1
TCCATGAAATTTTATAGTATATGATCAAAATAATTAATACTCCAATATAAAAATTTATATTACGAGATGCGGAGCCCTAGATGCTGCTGTGTTGATATATCACTAATTTTCTCACTGATGTATTGCATTCGCAGCTACTTCCTCGTTATCTTCTCTCTCTCAATTCTGTGTTTCCCTTCTCCCTCCCCAAGCTCATTCTGCATTCTGTATCGGAGTGAAAATCAATCAACGGACAGCTACTCGATTGGATCAGCTAAGAT...

CDS

13 records

下载 CDS FASTA
LOC131010673
ATGACGAGTACCGAATTGAATTCGAACGGGGAGGACGCTCAAGTGTCGCGAATTCACGATGCTGCCGGCGCATTTGTTAGCGGCTGGATGTATGTGAATCAAAACGGTCAGATGTGTGGCCCTTATATCCAGCAACAGTTATACGAGGGTATATATTCCGGTTTCTTGCCGGGGGAGCTCCCCGTTTATCCGATTATCAATGGGAATCTCCTCAATGCAGTGCCCCTCAGCTACTTTAACCAATTCCCTGACCATGTTGC...
LOC131010673
ATGACGAGTACCGAATTGAATTCGAACGGGGAGGACGCTCAAGTGTCGCGAATTCACGATGCTGCCGGCGCATTTGTTAGCGGCTGGATGTATGTGAATCAAAACGGTCAGATGTGTGGCCCTTATATCCAGCAACAGTTATACGAGGGTATATATTCCGGTTTCTTGCCGGGGGAGCTCCCCGTTTATCCGATTATCAATGGGAATCTCCTCAATGCAGTGCCCCTCAGCTACTTTAACCAATTCCCTGACCATGTTGC...

Protein

13 records

下载 Protein FASTA
XP_057794296.1
MTSTELNSNGEDAQVSRIHDAAGAFVSGWMYVNQNGQMCGPYIQQQLYEGIYSGFLPGELPVYPIINGNLLNAVPLSYFNQFPDHVATGFIYLNAKESTNDAHGSIPNNSDADESFPLTGDDESCWLFEDGEGTRQGPHSLNELYSWCHYGYMSDSVMVYHAENKCKPLNLATLLNTWRKARIRAVTTHDNNNEGTDLALDLVSEISEVVCSQLHFGIMKTARKVLLDEIVGSIICDSLAMKRTQKNPKIVPVIESVKPI...
XP_057794297.1
MTSTELNSNGEDAQVSRIHDAAGAFVSGWMYVNQNGQMCGPYIQQQLYEGIYSGFLPGELPVYPIINGNLLNAVPLSYFNQFPDHVATGFIYLNAKESTNDAHGSIPNNSDADESFPLTGDDESCWLFEDGEGTRQGPHSLNELYSWCHYGYMSDSVMVYHAENKCKPLNLATLLNTWRKARIRAVTTHDNNNEGTDLALDLVSEISEVVCSQLHFGIMKTARKVLLDEIVGSIICDSLAMKRTQKNPKIVPVIESVKPI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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