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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003737

染色体: Chr02 坐标: 59014325-59019945 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003737
名称SmilChr02G003737
描述uncharacterized SmilChr02G003737
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向59014325 - 59019945 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010676
GeneID131010676
locus_tag-
NCBI NameLOC131010676
原始查询LOC131010676

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述obscurin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843735]; symbol=AT1G73970; hit=AT1G73970; species=arabidopsis; confidence=high
产物obscurin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843735]; symbol=AT1G73970; hit=AT1G73970; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G73970 (AT1G73970)
obscurin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843735]
identity=46.6; qcov=0.949; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0123400
-
identity=36; qcov=0.519; evalue=9.68e-59; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF27812 (PEX8_TPR_mid)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010676

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057794315.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.60000 XP_057794315.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057794315.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794315.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794315.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:59016069 CAG C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B52
Chr2:59016069 CAG C 2bp_deletion CDS_variant 1 B52
Chr2:59016072 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B52
Chr2:59016072 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B52
Chr2:59016159 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B27,C29,D10
Chr2:59016169 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B64,C35,C48,C56
Chr2:59016459 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C39,C77
Chr2:59016470 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,C42,C48
Chr2:59016538 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B5,C49
Chr2:59016648 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,C39
Chr2:59016651 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,A3
Chr2:59016717 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794315.1
808 aa
N
1
404
808
PEX8_TPR_mid
C
PF27812 PEX8_TPR_mid 523-609 aa
XP_057794316.1
808 aa
N
1
404
808
PEX8_TPR_mid
C
PF27812 PEX8_TPR_mid 523-609 aa
XP_057794317.1
732 aa
N
1
366
732
PEX8_TPR_mid
C
PF27812 PEX8_TPR_mid 523-609 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794315.1 Pfam PF27812 PEX8_TPR_mid Repeat 523 609 9e-08 33.0 PEX8 central TPR-like domain
XP_057794316.1 Pfam PF27812 PEX8_TPR_mid Repeat 523 609 9e-08 33.0 PEX8 central TPR-like domain
XP_057794317.1 Pfam PF27812 PEX8_TPR_mid Repeat 523 609 8e-08 33.2 PEX8 central TPR-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938334.1
GGGTCGGGCCGGATCTGTAAATGGGTCGGGAAACCCGGTCGCATAGACCGCATGCAATAAATTGCGATAGCGATAATTCAACTAGTATCAAGTAGGCACGAAATTCGTAGCATTGGTAGTCCAAACAATATCCTTGAGCGCCGGCCTAGCTCCTTGCTGCAGACTGCTTGTACTCCGCTCGACTTCTTCACCTCCACCACCACAAACGACGGCGTCACTGAGAATCCCTAGCTTCCCCTTCCAGCCCCTGTAACCAAACG...
XM_057938332.1
CTGTAAATGGGTCGGGAAACCCGGTCGCATAGACCGCATGCAATAAATTGCGATAGCGATAATTCAACTAGTATCAAGTAGGCACGAAATTCGTAGCATTGGTAGTCCAAACAATATCCTTGAGCGCCGGCCTAGCTCCTTGCTGCAGACTGCTTGTACTCCGCTCGACTTCTTCACCTCCACCACCACAAACGACGGCGTCACTGAGAATCCCTAGCTTCCCCTTCCAGCCCCTGTAACCAAACGCACGAATTCGTCGC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131010676
ATGGCCAAACAACCCCAATATTTCTTCCTTGAAGAATGGTTGAGGAGCATCATTGATGTTAGCTTTAACAAGAATGGTTCAGTGCAATCCTCTACTTCGTCCGCTCAAGCACTAATCCAAGCTTGGGCTGACCTTAGAGACTTACTTGAGTGCCAGGCCTTCCATGCTCGACACCTTCAGGCTTTGAAGATTCTTATTGGTTCTCAAACTGCTCTTCATGTAGCAGATCCACAAGCAAAACTTATAATTTCCATTTTGTC...
LOC131010676
ATGGCCAAACAACCCCAATATTTCTTCCTTGAAGAATGGTTGAGGAGCATCATTGATGTTAGCTTTAACAAGAATGGTTCAGTGCAATCCTCTACTTCGTCCGCTCAAGCACTAATCCAAGCTTGGGCTGACCTTAGAGACTTACTTGAGTGCCAGGCCTTCCATGCTCGACACCTTCAGGCTTTGAAGATTCTTATTGGTTCTCAAACTGCTCTTCATGTAGCAGATCCACAAGCAAAACTTATAATTTCCATTTTGTC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057794315.1
MAKQPQYFFLEEWLRSIIDVSFNKNGSVQSSTSSAQALIQAWADLRDLLECQAFHARHLQALKILIGSQTALHVADPQAKLIISILSSQHLSLPQESYPLFFRLLYIWVRKSRQTSLVVESAIEVLSHIFSSKSCCGKSSLFFSDGILLLGALSFQTSASEKSKRLCLDLLCKLLEEEYRSIFLSNELASSALAGAGYALSSPVTGNFGRILDILFRIWGREGGPFGTSQGLMLLHVIEWVLSNSVNLHSVDIIEDVREL...
XP_057794316.1
MAKQPQYFFLEEWLRSIIDVSFNKNGSVQSSTSSAQALIQAWADLRDLLECQAFHARHLQALKILIGSQTALHVADPQAKLIISILSSQHLSLPQESYPLFFRLLYIWVRKSRQTSLVVESAIEVLSHIFSSKSCCGKSSLFFSDGILLLGALSFQTSASEKSKRLCLDLLCKLLEEEYRSIFLSNELASSALAGAGYALSSPVTGNFGRILDILFRIWGREGGPFGTSQGLMLLHVIEWVLSNSVNLHSVDIIEDVREL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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