当前解析结果
SmilChr02G003732| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003732 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003732 |
| 描述 | protein PHLOEM PROTEIN 2-LIKE A10-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 58960737 - 58962991 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131010691 |
|---|---|
| GeneID | 131010691 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010691 |
| 原始查询 | LOC131010691 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein PHLOEM PROTEIN 2-LIKE A10-like |
| 产物 | protein PHLOEM PROTEIN 2-LIKE A10-like |
| Arabidopsis | AT1G10150 (AT1G10150)Carbohydrate-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837552] identity=54; qcov=0.976; evalue=2.86e-161; confidence=high |
| Rice | Os03g0769900 (OSJNBb0106M04.4)- identity=39; qcov=1; evalue=1.23e-84; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF30836 (PP2-like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010691 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.80000 | XP_057794335.1 |
| 2 | Peroxisome membrane | 过氧化物酶体膜 | 0.80000 | XP_057794335.1 |
| 3 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.40000 | XP_057794335.1 |
| 4 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.20000 | XP_057794335.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057794335.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:58961288 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B120,B18,C14 |
Chr2:58961294 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A20,C43 |
Chr2:58961462 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B70,C87 |
Chr2:58961548 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B78,C82 |
Chr2:58961789 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B47 |
Chr2:58961789 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B47 |
Chr2:58961862 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B40 |
Chr2:58961921 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A21,A24,B102,B104 |
Chr2:58962070 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B107,B140 |
Chr2:58962083 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B40 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794335.1PF30836
PP2-like 27-388 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794335.1 |
Pfam | PF30836 |
PP2-like | Domain | 27 | 388 | 1.8e-159 | 531.3 | Phloem protein 2-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。