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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003732

染色体: Chr02 坐标: 58960737-58962991 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003732
名称SmilChr02G003732
描述protein PHLOEM PROTEIN 2-LIKE A10-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向58960737 - 58962991 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010691
GeneID131010691
locus_tag-
NCBI NameLOC131010691
原始查询LOC131010691

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein PHLOEM PROTEIN 2-LIKE A10-like
产物protein PHLOEM PROTEIN 2-LIKE A10-like
ArabidopsisAT1G10150 (AT1G10150)
Carbohydrate-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837552]
identity=54; qcov=0.976; evalue=2.86e-161; confidence=high
RiceOs03g0769900 (OSJNBb0106M04.4)
-
identity=39; qcov=1; evalue=1.23e-84; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF30836 (PP2-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010691

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Peroxisome 过氧化物酶体 0.80000 XP_057794335.1
2 Peroxisome membrane 过氧化物酶体膜 0.80000 XP_057794335.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.40000 XP_057794335.1
4 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057794335.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794335.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:58961288 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,B18,C14
Chr2:58961294 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,C43
Chr2:58961462 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B70,C87
Chr2:58961548 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C82
Chr2:58961789 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B47
Chr2:58961789 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B47
Chr2:58961862 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr2:58961921 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,A24,B102,B104
Chr2:58962070 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:58962083 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794335.1
417 aa
N
1
208
417
PP2-like
C
PF30836 PP2-like 27-388 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794335.1 Pfam PF30836 PP2-like Domain 27 388 1.8e-159 531.3 Phloem protein 2-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938352.1
TGAATTACTTCCTTCCTATAAACAGACAACAAATGTGAGCCAATCTTTCAATCTGAATCCCTAAAATTAAAATTCCACCCCTTTTTTCCATTGATTTTCCCTCTCTTTTCCCCCTCTCTATTTTTTATGCACCACAATTTTGACTAGCACAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCGACGACTCATCGTCCCAGGTGCGTATGATCAAAACTCATCCCCATTTCTCTTGTAATTGCATCGAGACATCATTTACGTGCGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010691
ATGGATAGTGAATTGGTGAAAAGGGGTTTTGATTTCACTAGAAGGAAGAAGAAATGGTTAATTGTGATGGGATTGGTTGGGATTTCTAGCTACGGTGTGTATAGGGCGTATCACATGCCGTCTGTAGCTAGAAAGAGAAAAAGAATCTTGAAGTTGTTAGGATCCCTAGTTTCAATGGCTGAAATGGTTTCTGATTCCGCGGAGATGATGACAGTGGTGTCGAGGGATTTAAAGGAGTTTTTGGAGTCTGATTCGGACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794335.1
MDSELVKRGFDFTRRKKKWLIVMGLVGISSYGVYRAYHMPSVARKRKRILKLLGSLVSMAEMVSDSAEMMTVVSRDLKEFLESDSDEIPNSLKQLSKIARSVEFSESVARLCQSMTVGVLRGYKVENSASDIQEDGNSSFSDRLIDKMMSDAGTGFVSVVIGSFARNLVLGFYANGENSHSGVIHEKSSSSSLPTWLTVVADDKCRVLVADCIKTFVSTAVTIYLDKTMDVNVYDEMFSGLTNPKHQNKMTEFLVSLCNG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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