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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003741

染色体: Chr02 坐标: 59064441-59066787 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003741
名称SmilChr02G003741
描述uncharacterized SmilChr02G003741
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向59064441 - 59066787 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010706
GeneID131010706
locus_tag-
NCBI NameLOC131010706
原始查询LOC131010706

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010706

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057794353.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057794353.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794353.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794353.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794353.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:59065306 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B49,B69,B86,C17,C40
Chr2:59065317 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 22 A6,A8,B11,B113,B126,B137,B140,B17,B2,B35,B52,B62,B63,B81,B91,C18,C2,C58,C62,C67,C68,D1
Chr2:59065362 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B45,B91,C29,C75
Chr2:59065364 GTT G 2bp_deletion frameshift_variant 20 A11,A18,B101,B108,B127,B128,B2,B54,B57,B58,B91,C24,C41,C49,C54,C57,C61,C77,C85,D11
Chr2:59065480 TG * 1bp_deletion CDS_variant 3 B105,B77,C58
Chr2:59065610 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 2 A3,B98
Chr2:59065610 GT G 1bp_deletion CDS_variant 2 A3,B98
Chr2:59065736 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B129,B8,B83
Chr2:59065747 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 1 C44
Chr2:59065747 G GT 1bp_insertion CDS_variant 1 C44
Chr2:59065748 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr2:59065749 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 1 B8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938371.1
CAACTTTAGTGGTTAACTTTCTTCATCAATTTAACAAAGTCAGGTTTGGGCCCTATTAAGCCTTGATGGTCGAAAATCAGAGGCCCACTTAATAGCATTTCTTTTCTTTAAGTAATTTGAAGGCACCTACAGACTTCCATCTTGACGCGAATGTACAGAAGGATAGCTTGCAAAGCCTTTCGCTTTCAGACTTCTCCAATGACACGATTTCTTTGTTGTTTCAATTTCTCTCCCATCTGGATAACCATTAATCTTATCAG...
XM_057938370.1
ACTTTAGTGGTTAACTTTCTTCATCAATTTAACAAAGTCAGGTTTGGGCCCTATTAAGCCTTGATGGTCGAAAATCAGAGGCCCACTTAATAGCATTTCTTTTCTTTAAGTAATTTGAAGGCACCTACAGACTTCCATCTTGACGCGAATGTACAGAAGGATAGCTTGCAAAGCCTTTCGCTTTCAGACTTCTCCAATGACACGATTTCTTTGTTGTTTCAATTTCTCTCCCATCTGGATAACCATTAATCTTATCAGAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131010706
ATGCGTCAATTTAGGGAGCTTTGCTTGGTATCTTTGGAGCTTTTGCACCTATCAATCAAGGAGCTTTGCTTGGAGTTTTTGGAGCTTTGCACCCATCAATTAAGGAGTTTTGCTTGGAGCTGTTGGAGCCTTGCACCCATCGATCAAGGAGTTTTGCTTGGAGTTTTTTTTTGGAGAGCTTTTCTTGGAGCTTTGGAGCTTTTGCACCCATCAATCAAGAAGCTTTGCTTGGAGTTTTTGGAGCTTTGCACCCATCAACA...
LOC131010706
ATGCGTCAATTTAGGGAGCTTTGCTTGGTATCTTTGGAGCTTTTGCACCTATCAATCAAGGAGCTTTGCTTGGAGTTTTTGGAGCTTTGCACCCATCAATTAAGGAGTTTTGCTTGGAGCTGTTGGAGCCTTGCACCCATCGATCAAGGAGTTTTGCTTGGAGTTTTTTTTTGGAGAGCTTTTCTTGGAGCTTTGGAGCTTTTGCACCCATCAATCAAGAAGCTTTGCTTGGAGTTTTTGGAGCTTTGCACCCATCAACA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057794353.1
MRQFRELCLVSLELLHLSIKELCLEFLELCTHQLRSFAWSCWSLAPIDQGVLLGVFFWRAFLGALELLHPSIKKLCLEFLELCTHQQEVLLGAVGALHPSIKELCLEFLELCTHQSRSFAWSCWSFAPINQGVLLGVFFLELCTHQSRSFSWSFGAFAPINQGALLGVFGALHPSIKELFLELWSFCTHQSRSFSWSFGAFAPINQGVLLGYNFLLGSVDILLLRGLSRLLQHGSGDV
XP_057794354.1
MRQFRELCLVSLELLHLSIKELCLEFLELCTHQLRSFAWSCWSLAPIDQGVLLGVFFWRAFLGALELLHPSIKKLCLEFLELCTHQQEVLLGAVGALHPSIKELCLEFLELCTHQSRSFAWSCWSFAPINQGVLLGVFFLELCTHQSRSFSWSFGAFAPINQGALLGVFGALHPSIKELFLELWSFCTHQSRSFSWSFGAFAPINQGVLLGYNFLLGSVDILLLRGLSRLLQHGSGDV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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