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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003722

染色体: Chr02 坐标: 58839820-58843445 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003722
名称SmilChr02G003722
描述cysteine-rich receptor-like protein kinase 44
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向58839820 - 58843445 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010709
GeneID131010709
locus_tag-
NCBI NameLOC131010709
原始查询LOC131010709

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cysteine-rich receptor-like protein kinase 44
产物cysteine-rich receptor-like protein kinase 44
ArabidopsisAT4G00960 (AT4G00960)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827937]
identity=54.9; qcov=0.995; evalue=4.69e-72; confidence=high
RiceOs02g0472700
-
identity=52.7; qcov=0.959; evalue=3.19e-67; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010709

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057794357.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057794357.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794357.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794357.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794357.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:58840975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr2:58841281 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr2:58841351 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B106,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794357.1
194 aa
N
1
97
194
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 4-167 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 4-168 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794357.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 4 167 1.1e-28 101.1 Protein kinase domain
XP_057794357.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 4 168 4.9e-25 89.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938374.1
AAAAAAACTTCCCCCATATATAAAAGAAGAAGAAAGAAAAGTAGTGATTGATGAAATTTGGAGATGATGGGCATTAAAACATGGGTGATCTTCATCTCTCTCACAACCACAGCAAGCTCCCAATACTCAGGCCATTCATGCTCCACCACCGGCAACTACACCCGAGAAAGCCTTTACAGAGCCGACCTCAACGCCCTCCTCGCCTCCCTCTCCTCTACCAACGCCACCTTCTACAACGCCTCCGCCGGCCAAGCCAACGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010709
ATGCGTTTCAAGATCATCGGGGGTGTTGCACGAGGACTTCTTTATTTACACGAAGATTCAAGGCTTCGTATAGTCCACCGCGATCTCAAGCCTAGTAATGTGCTACTTGATCAAGATATGAACCCTAAAATCTCGGATTTTGGTCTTGCTAAACTAGTCATGCCAGATTTCACTCAAGAGAGTGCCAGCAGGATTGTTGGGACCTATGGATATATGGCACCAGAATATGCAATGCAAGGCCGTTTCTCGATCAAATCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794357.1
MRFKIIGGVARGLLYLHEDSRLRIVHRDLKPSNVLLDQDMNPKISDFGLAKLVMPDFTQESASRIVGTYGYMAPEYAMQGRFSIKSDVYSLGVLILEIVSAQKRIMQNGGDLLTHAWRNWREGTSGNIIDPTLMATSKSHPDMLKCVHIALLCVQQNPDDRPTVASVVLMLNTCSSLTLPLPSHSQHYVSHISA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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