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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003747

染色体: Chr02 坐标: 59127601-59130370 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003747
名称SmilChr02G003747
描述uncharacterized SmilChr02G003747
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向59127601 - 59130370 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010716
GeneID131010716
locus_tag-
NCBI NameLOC131010716
原始查询LOC131010716

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836511]; symbol=AT5G63905; hit=AT5G63905; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836511]; symbol=AT5G63905; hit=AT5G63905; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT5G63905 (AT5G63905)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836511]
identity=76; qcov=0.987; evalue=4.42e-18; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF15811 (SVIP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010716

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057794366.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057794366.1
3 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057794366.1
4 Cell junction 细胞连接 0.20000 XP_057794366.1
5 Focal adhesion Focal adhesion 0.20000 XP_057794366.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:59127952 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:59129872 CA * 1bp_deletion CDS_variant 3 A18,B118,B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794366.1
76 aa
N
1
38
76
SVIP
C
PF15811 SVIP 3-71 aa
XP_057794367.1
76 aa
N
1
38
76
SVIP
C
PF15811 SVIP 3-71 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794366.1 Pfam PF15811 SVIP Family 3 71 1.5e-11 45.0 Small VCP/p97-interacting protein
XP_057794367.1 Pfam PF15811 SVIP Family 3 71 1.5e-11 45.0 Small VCP/p97-interacting protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938384.1
AAGCAATGTCCCCATATTATTTGAATAAGTATTTATTTGCACTAATTAAAAATATAAAACGACTAGTAAAAAGAACTAAAACAATTAATTGTTTTACGTAAAAATTAAACGATTAATTCTAAGTCAGACTTTGGTATTTGATAAGTGAGAATGTCCGAATCTACAATCTCGTGTCGTGACTGAAACCCATTTTTACCTTAGAACTCACAAAATTAGATTAAGTCAATCAAGAAATTAACAGAGAGAGGAGAATTGTGAGA...
XM_057938383.1
AAACGATTAATTCTAAGTCAGACTTTGGTATTTGATAAGTGAGAATGTCCGAATCTACAATCTCGTGTCGTGACTGAAACCCATTTTTACCTTAGAACTCACAAAATTAGATTAAGTCAATCAAGAAATTAACAGAGAGAGGAGAATTGTGAGATGGGTTGCTTCGCTTGTTTCGATGGCGGAAGCAAGCAGCGCCAACGAGAAGAGGAGCGTTTGGCCTCCGAAGAAGCCCGCGCCAAAGCCGCCGAAGCTGCCCAGAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131010716
ATGGGTTGCTTCGCTTGTTTCGATGGCGGAAGCAAGCAGCGCCAACGAGAAGAGGAGCGTTTGGCCTCCGAAGAAGCCCGCGCCAAAGCCGCCGAAGCTGCCCAGAAAAGGCAAGAGCAATTTGAGCAATCCGCAGCAGGAAGAGCTGCAAAAGCACAGCTAGCGGCTGTTGCAAAACAAAACGCAAACACCAACAAAGGTGAACCAGTTCTTAAGTGGCAAATGGGATGA
LOC131010716
ATGGGTTGCTTCGCTTGTTTCGATGGCGGAAGCAAGCAGCGCCAACGAGAAGAGGAGCGTTTGGCCTCCGAAGAAGCCCGCGCCAAAGCCGCCGAAGCTGCCCAGAAAAGGCAAGAGCAATTTGAGCAATCCGCAGCAGGAAGAGCTGCAAAAGCACAGCTAGCGGCTGTTGCAAAACAAAACGCAAACACCAACAAAGGTGAACCAGTTCTTAAGTGGCAAATGGGATGA

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057794366.1
MGCFACFDGGSKQRQREEERLASEEARAKAAEAAQKRQEQFEQSAAGRAAKAQLAAVAKQNANTNKGEPVLKWQMG
XP_057794367.1
MGCFACFDGGSKQRQREEERLASEEARAKAAEAAQKRQEQFEQSAAGRAAKAQLAAVAKQNANTNKGEPVLKWQMG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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